稽查局是負責全市國稅系統稅務稽查工作的職能部門。具體職責是：
（1）負責貫徹執行稅收法律、法規和規章；制定全市國稅稽查工作制度、辦法並組織實施。
（2）負責制定全市稅務稽查的工作計劃，並負責組織實施；負責監督五市國稅局稽查工作任務的落實。
（3）負責對市內八區偷、逃、抗、騙稅案件、虛開增值稅專用發票案件、普通發票大要案件的查處工作。
（4）負責五市稽查局稽查業務的指導、監督及稽查案件的復查工作，並按計劃對五市重點稅源企業和重大稅務違法案件開展查處工作。
（5）負責對“金稅工程”增值稅專用發票協查信息管理系統的監控和管理及已確認有問題增值稅專用發票案件的查處。
（6）負責群眾舉報稅務違法案件的受理、查處、轉辦及對全市國稅系統稽查部門群眾舉報工作的指導、監督並提出獎勵意見。
（7）負責對上級交辦及市內八局按規定標準移交的稅務違法案件的查處工作。
（8）負責本局職責範圍內有關案件的集體審議和重大涉稅案件的復審提交工作。
（9）協助市局法規部門向公安機關移送涉嫌稅務違法犯罪行為案件；並負責協調稅務稽查工作中與公安、司法機關的有關工作，配合做好涉稅違法犯罪案件的查處工作。
（10）負責擬定全市國稅系統辦案補助經費的分配建議。
（11）負責全市國稅系統稅務檢查證的印制、審核、發放和管理。
（12）負責開展涉稅案件的公開曝光工作。
（13）負責對系統分管職責範圍內的綜合調研、業務培訓、指導監督和服務工作。
（14）負責本局幹部職工思想政治工作、黨風廉政建設和日常管理等工作。
（15）完成領導交辦的其他工作。