納稅人在收到增值稅進項稅發票後首先需要查看抵扣聯(第壹聯)和發票聯(第二聯)是否齊全，核查開票的內容是否真實、正確，並檢查是否有加蓋單位發票專用章。
在檢查無誤後再帶上抵扣聯去稅務局認證，由稅務局工作人員將發票信息掃入系統，由系統自動進行比對。認證完成後，稅務機關工作人員會歸還抵扣聯，並打印出壹式兩聯的增值稅發票認證結果清單和認證結果通知書，需要納稅人蓋上放在窗口的認證專用章。
2、掃描儀認證
以下為掃描儀認證操作方式：
（1）納稅人將掃描儀接入電腦，連接網絡，打開企業端軟件，選擇相應的掃描儀，進入系統；
（2）將待認證的抵扣聯正確地放置在掃描儀上，點擊專用發票網上認證或是機動車/貨運票網上認證對相應的發票類型進行網上認證；
（3）進入網上認證頁面後，點擊單張掃描或高速掃描按鈕，軟件自動掃描發票圖像並識別發票電子數據，掃描識別形成發票電子數據後，請對照抵扣聯原件，核對電子數據。如有識別不準確的，依照抵扣聯原件，通過鍵盤手工修改。
（4）點擊網上認證再進行實時認證，對於返回結果為“認證通過”的，納稅人可進行下壹步的下載打印通知書的操作；對於返回結果為“認證未通過”的，請仔細核對電子數據與抵扣聯原件是否壹致，如不壹致，可能是掃描識別有誤或手工錄入有誤，根據抵扣聯原件校正電子數據後，再次進行傳輸認證；
（5）單擊通知書選擇要下載通知書的“所屬月份”（默認為當月），單擊“下載認證結果通知書”按鈕。通知書下載完畢後，單擊“打印通知書”按鈕，打印認證結果通知書和認證結果清單。
3、網上勾選認證
本方式可認證抵扣的發票包括增值稅專用發票、貨物運輸業增值稅專用發票、機動車銷售統壹發票。
（1）在電腦上插入稅控盤，進入增值稅發票認證平臺，輸入證書密碼，點擊登錄（每次使用本系統時均需確保用於識別用戶身份的金稅盤或稅控盤處於連接狀態）；
（2）點擊菜單發票勾選，選擇開票起始結束日期，點擊查詢，會顯示出未認證的發票；
（3）勾選並確認當期要認證的發票，點擊保存；
（4）彈出勾選確認信息，再次確認金額稅額有無錯誤，然後點擊確認，再次彈出提示數據提交成功的對話框，再點擊確認，勾選發票成功；
（5）如果發票數據量夠多，則點擊批量勾選，經過下載和篩選，最後點擊上傳，完成批量勾選處理；
（6）發票勾選完畢後，返回主界面，點擊確認勾選菜單，頁面自動跳轉到確認勾選功能模塊，確認標誌勾選“已勾選未確認”，點擊確認按鈕確認。彈出發票確認匯總窗口，再次確認勾選金額稅額是否正確，如正確點擊提交即可；
（7）認證完後，過壹段時間就能查到申報抵扣發票統計表。網上進行的進項認證在壹個月內可以進行多次認證的，最後會統計起來。