納稅人在工程竣工結算前轉讓不動產所得，因涉及成本確定或其他原因，無法計算土地增值稅的，可以先行征收土地增值稅，待工程竣工結算後再進行清算，多退少補。具體辦法由各省、自治區、直轄市地方稅務局根據當地情況制定。
《財政部國家稅務總局關於土地增值稅若幹問題的通知》(財稅字[2006]21號)第三條規定，各地要進壹步完善土地增值稅預征辦法，根據當地房地產業增值水平和市場發展情況，區分普通住宅、非普通住宅和商品房等不同類型，科學合理確定預征率並適時調整。工程竣工結算後，應及時清算，多退少補。未按規定期限預繳稅款的，從限定納稅期限屆滿的次日起，按照稅收征管法及其實施細則的有關規定加收滯納金。
根據上述規定，各地稅務局對房地產開發企業項目竣工結算前轉讓房地產取得的收入(含預售收入)制定了具體辦法和稅率。
例如，《河北省地方稅務局關於印發的通知》(冀地稅發〔2006〕37號)規定:
1.對從事房地產開發的納稅人，在項目竣工結算前轉讓房地產取得的收入(含預售房屋收入)，按照規定的扣繳率預繳土地增值稅，並按房地產所在地主管稅務機關確定的申報期，於月份終了或季度終了後10日內繳納土地增值稅。對未按規定期限繳納稅款的，根據稅收征管法及其實施細則的有關規定，從限定的納稅期限屆滿的次日起，加收滯納金。
2.土地增值稅扣繳率從0.3%到3%不等。各設區市地方稅務局可根據當地情況和以下標準確定具體扣繳率:住房(別墅除外)扣繳率為0.3%至2%；各種別墅、寫字樓、商品房預征率從2%到3%不等。納稅人同時開發房屋和其他不動產的，按照上述預征率分別核算；劃分不清的，按從高的費率預征。
3.納稅人建設政府有關部門認定的經濟適用住房，不需要預先征收土地增值稅。竣工決算後，按規定征收或免征土地增值稅。
《北京市地方稅務局關於土地增值稅征收管理有關問題的通知》(京地稅字[2006]509號)規定，本市房地產開發企業在項目竣工結算土地增值稅前預(銷)售商品房取得的收入，除經政府批準的經濟適用房、限價房外，自2007年6月5438+10月1日起預售。對未按規定期限預繳土地增值稅的房地產開發企業，依法從納稅期限屆滿的次日起，按日加收未繳稅款0.5%的滯納金。
土地增值稅清算
(壹)清算項目和清算單位
1.《土地增值稅暫行條例實施細則》第八條規定，土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的會計項目或會計對象為計算依據。
2.《中華人民共和國國家稅務總局關於武漢寶安房地產開發有限公司繳納土地增值稅問題的批復》(國稅函〔2003〕922號)進壹步明確，房地產開發有限公司壹次性購買並單獨轉讓的土地，按照最基本的核算項目分別征收土地增值稅。
3.《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》(國稅發[2006]187號):土地增值稅以國家有關部門批準的房地產開發項目為單位，以分期開發項目為單位進行清算。開發項目既包括普通住宅又包括非普通住宅的，增值額應當單獨計算。
4.《土地增值稅清算管理規定》(國稅發[2009]91號)第十七條:清算審核時，審核房地產開發項目是否以國家有關部門批準備案的項目進行清算；對於分期開發的項目，是否分期清算；規定了是否對不同類型的不動產分別計算增值額、增值率、繳納土地增值稅。
5.《河北省土地增值稅管理辦法》(冀地稅發[2006]37號)第十九條:以納稅人房地產開發成本核算中最基本的會計項目進行納稅清算。
6.“關於印發《通知》(狄青國稅發〔2008〕100號)第二十條規定，房地產開發項目既包括普通住房又包括非普通住房的，開發企業應當分別計算增值額，按照普通住房和非普通住房的增值率分別計算土地增值稅。未單獨核算的，按照普通住房和非普通住房建築面積占實用建築面積的比例確定扣除項目金額。
7.《廣西自治區地方稅務局關於明確土地增值稅清算若幹政策問題的通知》(桂地稅發〔2008〕44號)第三條規定了房地產開發項目同時涉及普通住宅、非普通住宅和其他住宅的增值額如何計算:
(1)開發項目既包括普通住宅又包括非普通住宅和其他住宅的，應單獨核算其增加值。
(2)計算上述項目時，其成本費用混合的，應分別按不同的房屋類型和建築面積分攤。
(二)土地增值稅清算條件
1.納稅人應清算的土地增值稅，包括:
(1)房地產開發項目全部竣工銷售；
②未完工房地產開發項目整體轉讓；
(3)土地使用權直接轉讓。
2.主管稅務機關可以要求納稅人進行土地增值稅清算，包括:
①已竣工驗收的房地產開發項目，轉讓的房地產建築面積占整個項目可售建築面積的85%以上，或剩余可售建築面積已出租或已入住，雖未超過85%；
上述85%的計提可以用以下公示表示:(轉讓實用建築面積+出租或自用實用建築面積)÷總實用建築面積≥85%。
②銷售(預售)許可未滿三年的；
③納稅人申請註銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續；
省級稅務機關規定的其他情形。
(三)土地增值稅清算時限
1.對符合條件應進行土地增值稅清算的項目，納稅人應自符合條件之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續。
2.對於符合稅務機關要求納稅人進行土地增值稅清算的項目，由主管稅務機關確定是否進行清算；對需要清算的項目，主管稅務機關應開具清算通知書，納稅人應自收到清算通知書之日起90日內辦理清算手續。
3.應進行土地增值稅清算的納稅人或主管稅務機關確定需要清算的納稅人，在上述規定期限內拒絕清算或提供清算資料的，主管稅務機關可依據《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規定進行處理。
(四)土地增值稅清算準備材料
納稅人在清算土地增值稅時應提供的清算資料:
1.房地產開發項目清算說明，主要包括房地產開發項目立項、土地使用、開發、銷售、關聯交易、融資、納稅等基本情況以及主管稅務機關需要了解的其他情況。
2.工程竣工決算報表、取得土地使用權所支付的土地價款憑證、國有土地使用權出讓合同、銀行貸款結息通知書、工程合同結算表、商品房買賣合同統計表、銷售進度、預售許可證及其他與房地產轉讓收入、成本、費用相關的證明材料。主管稅務機關需要相應項目的會計憑證的，納稅人還應提供會計憑證復印件。
3.納稅人委托稅務中介機構審核清算事項的，還應提交中介機構出具的土地增值稅清算稅款驗證報告。
主管稅務機關收到納稅人清算信息後，對符合清算條件的項目予以受理，並提交完整的清算信息；納稅人符合清算條件，但提交的清算資料不完整的，要求納稅人在規定期限內補報，納稅人在規定期限內補齊清算資料後予以受理；不符合清算條件的項目不予受理。以上具體期限由各省、自治區、直轄市和計劃單列市稅務機關確定。主管稅務機關受理的清算申請，納稅人無正當理由不得撤銷。