協助局領導協調各部門工作，負責局機關文秘和綜合性重要文件的起草，承擔會議工作；負責局機關的人事、保密、機要、檔案、信訪、接待等工作；負責局機關規章制度建設、目標考核和重要事項督辦；負責政務信息工作，負責和指導全縣農機和水利系統的新聞宣傳；負責水利農業機械科技工作，以及局機關對外經濟技術合作與交流工作；負責在職人員培訓和專業技術人員的繼續教育；管理機關事務，負責離退休職工管理；承辦局黨組和領導交辦的其他工作。
2.規劃和建築科
負責組織編制全縣城鄉防洪、水資源、供水、用水、節水、排水、汙水處理和回用等綜合用水規劃和專業規劃；負責組織編制年度用水計劃；負責與經濟社會發展、城市總體規劃等重大建設項目相關的水資源論證和防洪論證；負責新建、擴建、改建水工程和病險水利工程的立項、可行性研究和初步設計等前期工作；負責縣級批準的水工程項目的可行性研究和初步設計審查；負責編制、審查或上報水利基本建設項目建議書、可行性研究報告和初步設計；負責水利工程建設的行業管理，監督、管理和規範水利工程建設市場，組織實施水利行業技術質量標準和水利工程勘察、設計、施工的規範和規程；負責組織實施小(1)型水庫及以上水利工程、防洪工程等的新建、擴建、改建、配套、除險加固。
3.水土保持科
負責組織實施《中華人民共和國水法》、《中華人民共和國水土保持法》及其配套法規和規範性文件；組織編制水土保持規劃、項目建議書、可行性研究報告、初步設計和水土流失治理施工圖設計，並上報國家和本市有關部門；組織實施水土流失防治監督；組織審查建設項目水土保持方案並監督實施，依法收取水土保持設施補償費和水土流失防治費。
4.水利部門
貫徹執行水利工程管理的法律、法規和規章，管理歸口管理的全縣水利工程，調解農業用水糾紛；負責管理中、小(壹)型水利工程。指導鎮水利農機站做好水利農業機械管理工作；編制全縣農田灌溉、農業用水調度和水利工程水費征收計劃，並組織實施；負責小(二)及以下水利工程新建、擴建、改建、加固項目的審查和建設管理，以及水利工程管理範圍內建設項目的審查；負責農業節水工作，組織實施農業灌溉節水增效工程；負責水庫管理人員和農業機械操作人員的業務技術和技能培訓；指導全縣農田水利基本建設，負責小水電站管理。
5.財會部
負責水利和農機行業的財務會計管理，指導水利和農機基層單位做好財務會計工作；編制財務預算方案和財務決算報告；管理水利農業機械項目基金、行政事業性收費；負責全縣水利農機系統的內部審計；負責水利和農業機械的專業統計和社會統計；負責水利和農業機械國有資產的保值增值；負責事業單位的財產管理。
6、給排水管理站
負責城市供水、排水、生活汙水處理的管理，管理和指導農村飲水工作，負責組織編制農村飲水安全規劃，組織實施農村飲水安全工程；負責實施城市排水許可和排水監測，組織城市供水、排水和生活汙水處理設施的建設和管理；負責供水企業的資質審批和二次供水的行政管理；負責全縣節約用水；負責生活汙水處理費的征收、使用和管理；對涉水企業進行行業管理。
7.水資源科
統壹管理地方水資源(包括大氣水、地表水和地下水)、河砂資源和水電資源，實施取水許可制度，編制和發布水資源公報，管理地熱水和礦泉水；制定城鄉水資源保護規劃，組織劃分水功能區，控制向飲用水水源地和其他水域排放汙染物；審批水汙染容量，提出限制汙染物排放總量的意見；審查區域內河流、湖泊、水庫管理範圍內排汙口的設置(包括新建、改建、擴建排汙口)；組織水資源調查評價，依法開展地下水資源調查。實行最嚴格的水資源管理，節約用水，保護水資源。提交水資源公報、水資源管理年報等水資源相關報表。
8.水行政執法大隊
依法征收水資源費，處理和處罰轄區內的涉水違法行為。宣傳水行政法律法規，制定轄區水行政管理相關規章制度。
9、水文管理站
建設水文站，收集轄區水文資料。
10，質量監督檢驗站
11，後移民支持辦公室
12，信訪辦
13，防汛抗旱指揮部
14，水利工程管理站
15，水質監測站