(1)企業合並，壹般情況下，應認定被合並企業以公允價值轉讓和處置全部資產，計算轉讓資產的收入，並依法繳納所得稅。被合並企業以前年度的虧損不得結轉被合並企業彌補。被合並企業接受被合並企業相關資產時，可以按照評估確認的價值確定成本。被合並企業的股東取得被合並企業的股權作為清算分配。被合並企業和被合並企業為實現合並向股東回購本公司股份時，回購價格與發行價格的差額，應當作為股份轉讓的利得或損失。
(2)被合並企業向被合並企業或其股東支付的購買價款中，被合並企業股權以外的現金、有價證券及其他資產(以下簡稱非股權支付)不高於所支付股權面值(或實收股本賬面價值)20%的， 經稅務機關審核確認後，當事人可以選擇按照下列規定處理所得稅:①被合並企業不確認全部資產的轉讓損益，不計算繳納所得稅。 被合並企業合並前，所有企業所得稅事宜均由被合並企業承擔。如果以前年度的虧損未超過法定補償期限，被合並企業可以在以後年度繼續用與被合並企業資產相關的收益進行彌補。具體按照以下公式計算:壹個納稅年度內能夠彌補被合並企業虧損的收入=壹個納稅年度內彌補被合並企業虧損前的收入×(被合並企業凈資產的公允價值÷被合並企業全部凈資產的公允價值)。(2)被合並企業的股東以被合並企業的股權(以下簡稱新股)與原被合並企業的股權(以下簡稱老股)進行交換，不視為賣出老股，而是作為買入新股處理。被合並企業的股東交換新股的成本，應當以其持有的舊股的成本為基礎確定。但未換新股的被合並企業股東所作出的所有非股權支付，應視為其所持老股的轉讓所得，按規定計算確認財產轉讓利得或損失，並依法繳納所得稅。③被合並企業接受的被合並企業全部資產的計稅成本，以被合並企業的原賬面凈值為基礎確定。
(3)關聯企業通過換股合並必須符合獨立企業之間公平交易的原則，否則，稅務機關有權調整企業的應納稅所得額。
(4)被合並企業資產負債基本相等，即凈資產幾乎為零，被合並企業通過承擔被合並企業全部債務實現吸收合並的，不視為被合並企業以公允價值轉讓和處置其全部資產，不計算資產轉讓收入。被合並企業接受被合並企業全部資產的成本，應當以被合並企業原賬面凈值為基礎確定。被合並企業的股東視為無償放棄其原有股份。