1、企業所得稅申報表及附表可以與關聯業務往來報告表分開保存，但在其錄入結束並進行數據保存時應給出提示“企業若存在與關聯方業務往來、境外投資或對外支付款項等事項的，請按稅法規定填報關聯交易報告表”；
2、在從所得稅年度申報表及附表模塊轉入關聯業務往來報告表模塊時，增加提示對話框：
對話框1：“存在關聯關系和關聯交易（是/否）？如果選擇“是”，則填寫《企業年度關聯業務往來報告表》表壹至表七內容；選擇“否”，則不填後面的相關報表。”在彈出上述對話框的同時，提示以下信息：
《中華人民***和國企業所得稅法》第四十三條：企業向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表時，應當就其與關聯方之間的業務往來，附送年度關聯業務往來報告表。
《特別納稅調整實施辦法（試行）》第105條：企業未按本辦法的規定向稅務機關報送企業年度關聯業務往來報告表，或未保存同期資料或其他相關資料的，依照征管法第六十條和第六十二條的規定處理。
對話框2：“存在對外投資情況（是/否）”？ 如果選擇“是”，則填寫《企業年度關聯業務往來報告表》表八內容；選擇“否”，則不填。”
對話框3：“存在對外支付款項情況（是/否）”？如果選擇“是”，則填寫《企業年度關聯業務往來報告表》表九內容；選擇“否”，則不填。”
3、提供“標簽頁”方式填報關聯業務往來報告表。
4、在表三至表八所涉及到的關聯方名稱均由表壹《關聯關系表》控制，不再需要手工添加，均可根據本企業的表壹內容自動帶出（結合模糊篩選功能以快速定位）。
5、所有報表應滿足錄入、修改、保存、多格式輸出、打印、填報說明查詢等功能。
6、系統應在給出所得稅年度申報“申報成功”信息提示或申報開票扣款前，要對申報表的完整性進行數據檢驗，按本說明“第三點”的業務要求對關聯交易報告表進行完整性檢驗。
7、對於需要錄入附表壹至附表七的，由於附表壹、附表二與附表三、附表四、附表五、附表六、附表七存在包涵與勾稽關系，為此要求申報系統對填報順序設置監控，即填寫《企業年度關聯往來業務報告表》時，要先打開附表壹、待其錄入完成且保存後，再錄入附表三、附表四、附表五、附表六、附表七，待其入完成且保存後，有關數據自動導入附表二，最後填寫附表二的“其他”行次。附表二中自動導入的數據以及按表內關系計算得出的數據不允許修改，附表三至附表七中按表內關系計算得出的數據不允許修改，其余項目可手工錄入。
8、表體中標“——”的欄目灰化，不得填報。