企業與個人股東間借款的涉稅風險主要體現兩方面：壹方面是，企業無償借用個人股東的借款需要繳納營業稅；股東無償借用公司資金在年末沒有歸還則要繳納20%的個人所得稅。
根據國稅函發[1995]156號的規定，貸款屬於“金融保險業”稅目的征收範圍，而貸款是指將資金貸與他人使用的行為。根據這壹規定，不論金融機構還是其他單位，只要是發生將資金貸與他人使用的行為，均應視為發生貸款行為，按“金融保險業”稅目征收營業稅。根據《財政部、國家稅務總局關於規範個人投資者個人所得稅征收管理的通知》（財稅[2003]158號）的規定，只要個人投資者在該納稅年度終了後既不歸還，又未用於企業生產經營的，對其所借非生產經營款項應比照投資者取得股息、紅利所得征收個人所得稅。
另壹方面的稅務風險是，個人股東以其房屋或小轎車向銀行抵押貸款後，再貸給其企業使用，企業代股東付給銀行的利息不能在企業所得稅前扣除，因為款是股東向銀行貸的，銀行出的利息票據上的付款人是股東的名字，在稅前進成本得不到稅務局的認可。
針對以上稅收風險，應采取以下控制措施：
第壹，企業使用個人股東的借款應支付利息，為此，根據國稅函[2009]777號文件的規定，企業應與股東簽定借款合同，向股東借款的總額在壹個會計年度內不高於股東在公司內的註冊資本的2倍，同時要到當地稅務局去代開發票入賬。同時, 股東借用公司資金必須支付利息（在壹個會計年度內可以無償或在壹個會計年度末必須把向公司借的錢歸還給公司）。
第二，投資者不能將企業資金用於消費性支出或財產性支出，否則視為企業對個人投資者的股利分配，要繳納20%的個人所得稅。《財政部、國家稅務總局關於企業為個人購買房屋或其他財產征收個人所得稅問題的批復》（財稅[2008]83號）規定，企業出資購買房屋及其他財產，將所有權登記為投資者個人、投資者家庭成員的，不論所有權人是否將財產無償或有償交付企業使用，其實質均為企業對個人進行了實物性質的分配，應視同投資者取得股息、紅利所得，繳納個人所得稅。為企業所用的個人資產提取的折舊不得在企業所得稅稅前扣除。
第三，如果股東向銀行貸款，再把資金貸給自己的企業使用時，必須在貸款合同中的“資金使用用途壹欄中”應註明企業使用，然後與銀行協商，把銀行貸款直接匯入企業的公司賬號。這樣的話，銀行出的利息票據雖然是股東個人的名字，但根據實質重於形式的原則，可以在稅前進行扣除。例如,《河北省地方稅務局關於2010年度企業所得稅匯算清繳若幹業務問題的公告》（河北省地方稅務局公告2011年第1號）第十二條關於個人貸款、企業使用發生利息的扣除問題規定：“對個人將自己的資產作抵押向金融機構貸款、企業使用（個人與企業之間必須有相關的協議）發生的利息，在確認該項貸款直接劃入企業銀行賬戶，利息支出由企業賬戶劃出後，允許企業在計征所得稅時扣除。”