壹是擅自擴大研發費用扣除範圍
不是所有的研發費用都可以稅前扣除。
企業在申請R&D費用扣除時，壹定要關註可加計扣除的R&D費用範圍，防止因擅自擴大R&D費用範圍或未準確把握R&D費用而可能帶來的稅務風險。《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發(2008)116號)第八條規定，行政法規和《中華人民共和國國家稅務總局條例》規定不得在企業所得稅前扣除的費用和支出項目，不得計入研究開發費用。從近六年的實踐來看，R&D費用的加計扣除壹直是企業涉稅實務中的難點，不易把握。在日常的涉稅處理實務中，經常會有壹些開發費用無法正確判斷是否可以抵扣，企業壹定要謹慎。企業發生的費用，只有屬於所列13項費用的，才能作為研究開發費用扣除，其他情況的研究開發費用不得扣除。
二、獎勵補貼收入沒有沖減研發費用。
用於研發的非稅收入財政資金不得計入研發費用加計扣除。技術開發費包含財政撥款的，由於財政撥款屬於非稅收入，其相應支出不得扣除，也不得作為技術開發費加計扣除的計算基數。
《國家稅務總局關於印發〈企業R&D費用稅前扣除管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發〔2008〕116號)附件規定，從有關部門和母公司取得的R&D費用專項撥款，應當用於沖減R&D費用。
然後計算附加扣除。因此，企業因其R&D項目獲得科技局、政府及相關管理部門獎勵補助時，應根據相對性原則，從R&D項目相關獎勵補助(含以前年度)中扣除R&D費用後計算附加扣除。另外，需要註意的是，激勵性補貼要按照收付實現制的原則減少。