三證合壹的辦理流程是由當事人攜帶企業三證合壹登記補充信息表，還有就是相關的設立登記的申請材料進行辦理即可。辦理三證合壹要提交的資料：
1、《企業“三證合壹”登記補充信息表》;
2、工商設立登記申請材料;
3、質監設立登記申請材料: 分支機構辦理設立登記時,還應提供總機構的代碼證書復印件;
4、稅務設立登記申請材料：
(1)合夥企業分支機辦理設立登記時，還應提供總機構的合夥協議復印件;
(2)申請人跨縣(市)設立的分支機構辦理設立登記時，還應提供總機構的稅務登記證副本復印件。
變更登記提交的材料：
1、工商變更登記申請材料;
2、未實行“三證合壹”登記的企業，還需提交組織機構代碼證正、副本，稅務登記證正、副本。
二、三證合壹辦理規定是怎麽樣的?
1、《三證合壹登記(備案)申請書》;
備註：只需要填寫三證合壹相關內容，其他部分都讓其空著就可以。
2、《指定代表或者***同委托代理人授權委托書》及指定代表或委托代理人的身份證件復印件，經辦人帶著身份證原件。依照表格要求先填好。
3、全體股東簽署的公司章程，如果沒有標準的章程可以在文庫裏面，按照自己公司的情況填寫完整即可;
股東的主體資格證明或者自然人身份證件復印件。股東為企業的，提交營業執照副本復印件。
股東為事業法人的，提交事業法人登記證書復印件。
股東為社團法人的，提交社團法人登記證復印件。
股東為民辦非企業單位的，提交民辦非企業單位證書復印件。
這壹條根據公司情況來定，壹般都是第壹條多些。
在當代，為了減輕相關人辦證壓力，我們國家法律當中也規定了三證合壹。三證合壹在進行辦理的時候是需要自己提出申請的，比如說需要提交三證合壹登記申請表，並且按照法律規定來填寫表格，遞交給有關部門即可。
法律依據：
《國家稅務總局關於創新稅收服務和管理的意見》
壹、創新服務，推進稅務登記便利化
（壹）創新稅務登記方式
各地可以根據不同條件，積極探索創新稅務登記方式。
1.國稅機關、地稅機關協同，壹方受理，統壹辦理。對納稅人提出的稅務登記申請，由受理的國稅機關或地稅機關壹方負責，納稅人不需再向另壹方稅務機關提出申請。
2.多部門聯合辦理。有條件的地方可以探索建立營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證等多證聯辦機制，相關部門同步審批，證照統壹發放，以便利納稅人。
3.“三證合壹”。探索跨部門業務流程再造，建立營業執照、組織機構代碼證與稅務登記證“壹表登記、三證合壹”制度。市場主體壹次性提交包含辦理營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證所需的所有信息，相關部門受理申請並進行審核，準予登記的，向市場主體發放壹份包含營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證功能的證照。
4.“電子登記”。積極探索推進全程電子化登記，實現網上申請、網上審核、網上發證，足不出戶就可以辦理，納稅人不需要就不再發放紙質稅務登記證件。