（壹）調整行政復議管轄權
原計劃單列市國家稅務局稅收計劃由國家稅務總局單獨下達，但其行政管理由所在省國稅局行使，自2012年開始，計劃單列市國家稅務局的人、財、物實行由總局直接管理模式；計劃單列市地方稅務局實行由省地稅局和單列市所在地人民政府雙重領導模式。因此，根據《中華人民***和國行政復議法》第十二條、第十三條的規定，國家稅務總局調整稅務行政復議管轄權，將《稅務行政復議規則》的第十九條第壹款第壹項“對計劃單列市稅務局的具體行政行為不服的，向省稅務局申請行政復議”修改為：“對計劃單列市國家稅務局的具體行政行為不服的，向國家稅務總局申請行政復議；對計劃單列市地方稅務局的具體行政行為不服的，可以選擇向省地方稅務局或者本級人民政府申請行政復議。”
（二）增加證據的種類並規範用語
第十壹屆全國人民代表大會常務委員會第二十八次會議對《中華人民***和國民事訴訟法》進行了修改， 2012年8月31日以主席令第59號 發布《全國人民代表大會常務委員會關於修改〈中華人民***和國民事訴訟法〉的決定》，自2013年1月1日起施行。根據修訂後的民事訴訟法第63條規定，國家稅務總局修改了《稅務行政復議規則》第五十二條，增加了“電子數據”證據種類，將“當事人陳述”、“鑒定結論”進行了語言規範，修改為“當事人的陳述”及“鑒定意見”。
（三）明確審理期限
2010年8月28日，第十壹屆全國人民代表大會常務委員會第十六次會議通過《中華人民***和國人民調解法》，自2011年1月1日起施行。國家稅務總局據此相關對《稅務行政復議規則》進行修改，明確“行政復議審理期限在和解、調節期間中止計算”。
《行政復議法實施條例》規定，公民、法人或者其他組織對行政機關行使法律、法規規定的自由裁量權作出的具體行政行為不服，申請行政復議，申請人與被申請人在行政復議決定作出前自願達成和解的，應當向行政復議機構提交書面和解協議。和解內容不損害社會公***利益和他人合法權益的，行政復議機構應當準許。在行政復議期間，申請人與被申請人經行政復議機構準許達成和解的，行政復議終止。《稅務行政復議規則》（國家稅務總局令21號）第86條規定，行使自由裁量權作出的具體行政行為，如行政處罰、核定稅額、確定應稅所得率等，行政賠償，行政獎勵，存在其他合理性問題的具體行政行為可以和解。