壹、案情簡介
2011年9月，金湖盛錦銅業有限公司（以下簡稱原告）從遼寧省淩源萬運金屬有限公司(“萬運”)購廢銅，2011年9月至11月，取得萬運提供的27份增值稅專用發票，稅額合計3,095,936.62元，2011年向國稅機關認證通過，並申報抵扣稅款3,095,936.62元。所購廢銅已在2011年全部進入生產成本，2011年結轉主營業務成本17,880,058.83元，2012年結轉主營業務成本331,332.95元。
2013年10月14日，遼寧省淩源市國家稅務局稽查局確認27份增值稅專用發票為虛開。2014年1月22日，淮安市國家稅務局稽查局（以下簡稱被告）做出《稅務處理決定書》（淮安國稅稽處（2014）9號）：
1．金湖盛錦銅業有限公司補繳增值稅3,095,936.62元。
2．補繳2011年度企業所得稅3,312,940.63元，補繳2012年度企業所得稅145,813.43元。
被告作出處理決定後，原告不服申請行政復議，2014年5月9日，淮安市國家稅務局作出《稅務行政復議決定書》（稅復決字（2014）第1號），維持了被告作出的《稅務處理決定書》。2014年5月24日，原告不服向淮安市清浦區人民法院（以下簡稱壹審法院）提起訴訟，請求依法撤銷被告作出的淮安國稅稽處（2014）9號稅務處理決定書。