二要防範國稅、地稅合作中的可能風險。《方案》並未就國稅、地稅合作給出進壹步的設計，因此，二者合作的內容與方式仍將以去年7月1日發布的《國家稅務局地方稅務局合作工作規範（1.0版）》（以下簡稱 “合作規範”）為藍本執行。既是《合作規範》，自然要立足於如何合作，這本無可厚非。然而國稅、地稅自1994年分立以來，早已形成兩套完全獨立的征收管理體系，其工作思路、機構設置、人員組成、利益分配等方面的差異，使二者之間不僅需要尋求建立合作界面與接口，更需要強烈的合作動機與激勵，惟此才能使合作免於流於形式，真正地在業務上便利納稅人。因此，下壹步仍需加強調研，在總結各地落實《合作規範》經驗的基礎上，不斷發現問題並使之完善，而對於某些通過合作解決不了的問題，則需探索其他的解決思路。
三要防範《方案》可能被教條化的風險。征管體制畢竟只是壹國稅制以及財政體制的組成部分，其改革不可單兵突進，應與稅制和財政體制改革同策劃、***協調，方可事半功倍。未來地方稅制、乃至整個收入體系面臨重建，中央與地方財政關系面臨調整、國家行政體制改革仍在推進之中，上述諸因素均可給稅收征管體制帶來壹定的不確定性。因此，《方案》本身應保持必要的開放性，接受實踐的檢驗並在檢驗中完善；實務部門亦應避免將《方案》教條化，在落實和執行《方案》中要敢於發現和提出問題。