1、發放年終獎的當月工資高於5000元時，年終獎扣稅方式為：年終獎x稅率-速算扣除數，稅率是按年終獎/12作為“應納稅所得額”對應的稅率。
2、當月工資低於5000元時，年終獎個人所得稅年終獎-(5000-月工資))x稅率-速算扣除數，稅率是按年終獎-(5000-月工資)除以12作為“應納稅所得額”對應的稅率。
員工當月的工資薪金計算
超過「5000」元，再發放的年終獎單獨作為壹個月的工資計算繳納個人所得稅。
全年壹次性獎金，單獨作為壹個月計算時，除以12找稅率，但計算稅額時，速算扣除數只允許扣除壹次。
不超過3500元，再發放的年終獎單獨作為壹個月的工資計算繳納個人所得稅。
但可以將全年壹次性獎金減除“雇員當月工資薪金所得與費用扣除額的差額”後的余額，作為應納稅所得額。其中“雇員當月工資薪金所得”以收入額扣除規定標準的免稅所得(如按規定繳納的社會保險和住房公積金等)後的數額。
法律依據：《國家稅務總局關於調整個人取得全年壹次性獎金等計算征收個人所得稅方法問題的通知》 第二條 納稅人取得全年壹次性獎金，單獨作為壹個月工資、薪金所得計算納稅，並按以下計稅辦法，由扣繳義務人發放時代扣代繳：
（壹）先將雇員當月內取得的全年壹次性獎金，除以12個月，按其商數確定適用稅率和速算扣除數。
如果在發放年終壹次性獎金的當月，雇員當月工資薪金所得低於稅法規定的費用扣除額，應將全年壹次性獎金減除“雇員當月工資薪金所得與費用扣除額的差額”後的余額，按上述辦法確定全年壹次性獎金的適用稅率和速算扣除數。
（二）將雇員個人當月內取得的全年壹次性獎金，按本條第（壹）項確定的適用稅率和速算扣除數計算征稅，計算公式如下： 1.如果雇員當月工資薪金所得高於（或等於）稅法規定的費用扣除額的，適用公式為：
應納稅額員當月取得全年壹次性獎金×適用稅率-速算扣除數
2.如果雇員當月工資薪金所得低於稅法規定的費用扣除額的，適用公式為：應納稅額雇員當月取得全年壹次性獎金-雇員當月工資薪金所得與費用扣除額的差額)×適用稅率-速算扣除數