依據審計法及其實施條例的相關規定，每壹個審計項目結束後，審計機關要向被審計單位出具審計報告，並針對發現的問題區分情況、進行處理。對於審計查出的違法違紀違規問題，屬於審計職權範圍的，審計機關直接下達審計決定，提出處理處罰意見，並在規定的時間內對整改情況進行檢查和督導；不屬於審計職權範圍的，審計機關出具移送處理書，移送其他部門進行處理處罰，接受移送的部門應將處理結果及時函復審計機關。
對於審計發現的管理不規範、體制機制制度方面的問題，審計機關會提出具體的審計建議，提請有關主管部門或被審計單位研究采取措施，促進完善制度、加強管理和深化改革。近年來，審計機關主要采取以下措施督促整改：
-堅持邊審計邊督促整改。在審計過程中，根據審計發現的情況和問題及時向被審計單位提出整改規範的建議，促進被審計單位邊審邊改。
-建立健全整改跟蹤檢查機制。根據被審計單位和事項的具體情況，要求其在法定期限內落實審計報告要求、執行審計決定，同時認真開展審計回訪和整改跟蹤工作，並註重與財政、稅務、工商、紀檢監察、公安、人事等多部門加強協作，形成整改合力。
-實行整改情況公告制度，將審計結果與整改情況壹並公告，通過信息公開促進加強整改。審計署自2003年開始發布審計結果公告以來，在公告每項審計結果的同時，都對已經整改情況予以反映。從2006年起，對每年向全國人大常委會報告的年度中央預算執行和其他財政收支審計工作報告反映問題的整改情況，都在報全國人大常委會審議後，向社會公告。地方各級審計機關也大都實行了這兩個方面的公告。