稅收風險管理流程主要包括五個階段：風險識別、風險評估、風險控制、風險處理和風險績效評價。這五個階段循環往復，構成稅收風險管理控制的總流程。
風險的識別：是經濟單位和個人對所面臨的以及潛在的風險加以判斷、歸類整理，並對風險的性質進行鑒定的過程。
風險的評估：是指在風險識別的基礎上，通過對所收集的大量的詳細損失資料加以分析，運用概率論和數理統計，估計和預測風險發生的概率和損失程度。風險估測的內容主要包括損失頻率和損失程度兩個方面。
風險控制：稅收執法風險控制以健全的崗責體系和完善的稅收執法監控機制為基礎。壹方面，健全的崗責體系能將執法風險點和具體的執法人員有機聯系起來，使風險管理根植於崗位、執法者、執法流程中。另壹方面，稅收執法風險管理以預先防範和過程控制為主，沒有實時的監督，就不可能實現真正意義上的風險控制，需要建立健全稅收執法監督機制。
風險處理：是風險管理的重要環節。對於稅務機關來說，稅收執法權按照法律運行，壹旦發生稅收執法風險事故執法行為不能隨意撤銷，按照法律規定，稅務執法人員必須承擔相應的責任，所以對風險損失的挽回非常不易。稅務執法風險處理重點不在減少風險損失，而是對未按規定執法的稅務責任人員進行相應的責任追究，從風險事故中吸取教訓，防惠於未然。
風險管理績效評價。隨著執法環境的不斷改善和對稅收執法監控機制的不斷完善，稅收執法的風險因素和風險等級都會發生相應的變化，稅收執法風險管理的過程是動態的。