壹、選案
確定稅務稽查對象是稅務稽查的重要環節。目前稽查選案分為：人工選案、計算機選案、舉報、其他等
人工選案的基本方法是抽樣。實施抽樣又分為隨機抽樣和非隨機抽樣。在實行抽查選案時，壹般都采用隨機抽樣法，它是按照概率規律抽取稽查對象的壹種方法。
計算機選案的指標主要有以下幾個方面：分行業生產經營指標平均增長值分析、分行業財務比率分析、企業常用財務指標分析、流轉稅類選案分析、企業所得稅稅前限制列支項目指標分析、進出口稅收指標分析、稅收管理指標分析等。
舉報是稅務機關發現案源最多的壹種途徑。
其他選案方法指：轉辦、交辦等。
二、實施稽查
稅務稽查實施階段是稅務稽查工作的核心和關鍵環節。稅務稽查必須依照法律規定權限實施。稅務稽查人員在實施稽查之前，除另有規定之外，應當提前以書面形式通知被查對象，向被查對象下達《稅務稽查通知書》，並由收件人填寫送達回證。稅務人員在實施稅務稽查時可以根據需要和法定程序采取詢問、調取賬簿資料、實地稽查、賬外調查和異地協查等方式進行。稅務稽查人員在稅務查賬時，應在《稅務稽查底稿》上逐筆如實紀錄稽查中發現的問題及所涉及的賬戶、記賬憑證、金額等細節，全面反映此項稽查工作的情況。稅務稽查實施終結，稅務稽查人員應當認真整理檢查資料，歸集相關證據，鬧鏈計算補退稅款，分析檢查結果，提出處理意見，並根據立案查處、未經立案查處以及稽查中發現的問題等不同情況，決定實行壹般工作程序或簡易工作程序，並分別制作《稅務稽查報告》、《稅務處理決定書》或《稅務稽查結論》。