因為外賬是給稅務局看的，它們是按照發票入賬的，比較規範，能真實反映公司的財務狀況。相比之下，內賬記錄了公司的全部財務狀況，包括壹些沒有開發票的收入和支出，可能存在壹些不合規的情況。因此，稅務局通常會先查外賬，如果發現有疑點或問題，再深入查內賬。
稅務機關查稅的基本程序是：
1、選案，根據案源信息篩選，決定是否立案；
2、立案；
3、檢查，結果制作《稅務稽查報告》，實施檢查之日起60日內完成，確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準；
4、審理， 檢查完畢，檢查部門應當將《稅務稽查報告》、《稅務稽查工作底稿》及相關證據材料，在5個工作日內移交審理部門審理，並辦理交接手續。
綜上所述，稅務局查賬主要查收入、成本和費用、合同四個方面。合同方面：查詢雙方簽訂合同的具體內容，從企業實際經營範圍及需求出發，查看是否存在異常的交易情況；成本方面：主要是成本結轉與收入是否匹配，是否有多結轉的情況存在；收入方面：主要是查該入帳的是否全部入帳，特別是往來款項是否還存在該確認為收入而沒有入帳。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第五十五條
稅務機關對從事生產、經營的納稅人以前納稅期的納稅情況依法進行稅務檢查時，發現納稅人有逃避納稅義務行為，並有明顯的轉移、隱匿其應納稅的商品、貨物以及其他財產或者應納稅的收入的跡象的，可以按照本法規定的批準權限采取稅收保全措施或者強制執行措施。
第五十六條
納稅人、扣繳義務人必須接受稅務機關依法進行的稅務檢查，如實反映情況，提供有關資料，不得拒絕、隱瞞。
第五十七條
稅務機關依法進行稅務檢查時，有權向有關單位和個人調查納稅人、扣繳義務人和其他當事人與納稅或者代扣代繳、代收代繳稅款有關的情況，有關單位和個人有義務向稅務機關如實提供有關資料及證明材料。