壹、稅務登記與申報資料核查
稅務局首先會核查公司的稅務登記情況，確保公司按照規定辦理了稅務登記，並獲得了稅務登記證。同時，稅務局還會對公司的納稅申報資料進行審查，包括納稅申報表、財務報表、憑證賬簿等，以核實公司是否按照稅法規定及時、準確地申報納稅。
二、現場檢查與實地調查
稅務局有權對公司的經營場所進行現場檢查和實地調查。在現場檢查中，稅務局會查看公司的生產經營情況、財務狀況、存貨情況等，以核實公司的實際經營情況與申報資料是否壹致。此外，稅務局還可能對公司的供應鏈、銷售渠道等進行調查，以了解公司的業務模式和盈利情況。
三、數據比對與風險評估
稅務局會利用稅收征管系統對公司的數據進行比對分析，包括與同行業、同地區企業的數據對比，以及與公司歷史數據的對比。通過數據比對，稅務局可以發現公司可能存在的異常情況和風險點，進而進行針對性的核查。同時，稅務局還會對公司的納稅信用進行評估，對信用等級較低的公司加強監管和核查力度。
四、稅務稽查與專項檢查
如果稅務局在核查過程中發現公司存在涉稅問題或疑點，會進壹步開展稅務稽查或專項檢查。稅務稽查是對公司納稅情況進行全面、深入的核查，包括對公司賬簿、憑證、合同等資料的詳細審查。而專項檢查則是針對某壹特定涉稅問題進行的專門檢查，如增值稅發票管理、企業所得稅稅前扣除等。
五、處理與處罰
對於核查發現的問題，稅務局會依法進行處理。如果公司存在少繳、漏繳稅款的情況，稅務局會要求公司補繳稅款並加收滯納金。對於故意逃稅、抗稅等嚴重違法行為，稅務局會依法進行處罰，並將相關情況移送司法機關處理。
綜上所述：
稅務局查公司的稅主要是通過稅務登記與申報資料核查、現場檢查與實地調查、數據比對與風險評估、稅務稽查與專項檢查等手段，對公司的納稅情況進行全面核查。這些措施有助於確保公司依法納稅，維護稅收秩序，促進經濟的健康發展。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第五十四條規定：
稅務機關有權進行下列稅務檢查：
（壹）檢查納稅人的賬簿、記賬憑證、報表和有關資料，檢查扣繳義務人代扣代繳、代收代繳稅款賬簿、記賬憑證和有關資料；
（二）到納稅人的生產、經營場所和貨物存放地檢查納稅人應納稅的商品、貨物或者其他財產，檢查扣繳義務人與代扣代繳、代收代繳稅款有關的經營情況；
（三）責成納稅人、扣繳義務人提供與納稅或者代扣代繳、代收代繳稅款有關的文件、證明材料和有關資料；
（四）詢問納稅人、扣繳義務人與納稅或者代扣代繳、代收代繳稅款有關的問題和情況；
（五）到車站、碼頭、機場、郵政企業及其分支機構檢查納稅人托運、郵寄應納稅商品、貨物或者其他財產的有關單據、憑證和有關資料；
（六）經縣以上稅務局（分局）局長批準，憑全國統壹格式的檢查存款賬戶許可證明，查詢從事生產、經營的納稅人、扣繳義務人在銀行或者其他金融機構的存款賬戶。稅務機關在調查稅收違法案件時，經設區的市、自治州以上稅務局（分局）局長批準，可以查詢案件涉嫌人員的儲蓄存款。稅務機關查詢所獲得的資料，不得用於稅收以外的用途。
《中華人民***和國稅收征收管理法實施細則》
第八十六條規定：
稅務機關行使稅收征管法第五十四條第（壹）項職權時，可以在納稅人、扣繳義務人的業務場所、貨物存放地檢查納稅人、扣繳義務人的賬簿、記賬憑證、報表和有關資料；可以檢查扣繳義務人代扣代繳、代收代繳稅款賬簿、記賬憑證和有關資料。