D級納稅人有限制具體如下：
1、公布D類納稅人及其直接責任人員名單，對其他有直接責任人員登記或者負責管理的納稅人，將其納稅信用直接認定為D類納稅人；
2、輔導期間增值稅專用發票要按照壹般納稅人政策辦理，實行普通發票領用時，以舊換新，嚴格限量供應；
3、加強出口的退稅審查；
4、加強稅務評估，嚴格審查所提交的各項材料；
5、已被列為重點監督檢查對象，增加監督檢查頻次的，不適用規定處罰範圍內的最低標準；
6、向有關部門報告納稅信用評估結果，對企業經營、投融資、取得政府供應土地、進出口、出入境、註冊新公司、工程招投標、政府采購、取得榮譽、安全許可證、生產許可證、就業資格、資格審查等方面提出限制或禁止的建議；
7、因評價指標評分被評為D級的納稅人，在下壹年度扣11分。經直接判斷被評為D級的納稅人，其D級評價保留兩年，第三年的稅收抵免不再評定為A級；
8、稅務機構會同有關部門實施的聯合懲戒措施，以及其他按照實際情況采取的嚴格管理措施。
綜上所述，發票按照輔導期的壹般的納稅人政策來管理，普通的發票領取要求交舊發票才提供新發票，並且限制量的供應，在D級納稅人辦理進出口的退稅的業務的時候，審核要加強。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》第二十五條
納稅人必須依照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限、申報內容如實辦理納稅申報，報送納稅申報表、財務會計報表以及稅務機關根據實際需要要求納稅人報送的其他納稅資料。
扣繳義務人必須依照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限、申報內容如實報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表以及稅務機關根據實際需要要求扣繳義務人報送的其他有關資料。
第二十六條
納稅人、扣繳義務人可以直接到稅務機關辦理納稅申報或者報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表，也可以按照規定采取郵寄、數據電文或者其他方式辦理上述申報、報送事項。
第二十八條稅務機關依照法律、行政法規的規定征收稅款，不得違反法律、行政法規的規定開征、停征、多征、少征、提前征收、延緩征收或者攤派稅款。