“小金庫”的管理分為四個階段:
1，動員部署。按照中央的統壹要求和部署，抓緊建立健全治理“小金庫”的領導體制和工作機制，制定具體實施方案。
做好思想動員和政策宣傳，營造良好的輿論氛圍。拓寬群眾監督渠道，認真做好信訪受理工作。
2.自查自糾。對現有“小金庫”進行全面自查，摸清底數，及時糾正，如實上報，做到全覆蓋，不走過場。
3.重點檢查。對日常監管中發現的線索具體、社會反映集中、“小金庫”問題較多的部門、單位和企業，相關職能部門要組織重點檢查。對檢查中發現的問題，要按照有關規定及時糾正。
4.整改落實。對自查和重點檢查發現的問題，有針對性地制定整改措施，落實整改責任，明確整改時限，確保整改到位。要完善制度，堵塞漏洞，加強管理和監督，鞏固和深化治理成果。
擴展數據:
“小金庫”治理應掌握以下原則:
1，分級負責，分口把關。在黨中央、國務院的統壹領導下，中央和地方分級負責，各有關職能部門和行業主管部門各負其責。建立“小金庫”管理責任制，壹級抓壹級，層層抓落實。
2.統籌兼顧，整體推進。治理“小金庫”既要與規範津貼補貼、規範行政事業單位經營性資產管理、節約控制行政成本、加強銀行賬戶監管等工作結合起來，又要與財政監督、審計監督、稅務檢查等日常工作結合起來，形成整體合力。
3、依法依紀，寬嚴相濟。堅持“前車之鑒，治病救人”的原則，對查出的“小金庫”責任單位和責任人從寬處理，對查出的“小金庫”責任單位和責任人從嚴處理。
4.標本兼治，整改與建設並舉。在堅決查處和糾正違紀違規問題的同時，更加註重治本、預防和制度建設，深化財政、金融和國有資產管理體制改革，逐步建立健全防治“小金庫”長效機制。
“小金庫”管理鼓勵自查，自查發現的問題從寬處理。自查認真並及時糾正的，責任單位可從輕、減輕或免除行政處罰，相關責任人員可從輕、減輕或免除處罰。自查出的“小金庫”要全額轉入符合規定的單位賬冊，並依法進行財務、稅務等相關處理。
對排查發現的“小金庫”，除依法進行相關財務、稅務處理外，對責任單位依法給予行政處罰，對相關責任人員依法依紀追究責任。對治理工作中走過場的部門和單位，主管部門和專項治理領導機構要及時了解相關情況，給予通報批評並責令整改。
問題嚴重的，要追究主要負責人的責任。對弄虛作假、不查辦案件、抗拒檢查、拒絕糾正、毀滅證據、突擊花錢、打擊報復舉報人的，或在重點檢查中發現“小金庫”數額巨大、情節嚴重的，要按照有關規定嚴肅處理。涉嫌犯罪的，移交司法機關依法處理。
本意見下發後設立“小金庫”的，對主要領導、分管領導和直接責任人，按照組織程序嚴肅處理、免職，再依據黨紀和有關法律法規追究責任。
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