第二，檢查上下遊企業，找出問題。比如，目前稅務局正在下大力氣查殺虛開增值稅專用發票的企業，甚至可以查到收款方。無論是不知情還是能接受假發票，都存在假抵扣的風險，此時就成了稅務機關的重點檢查對象；此外，稅務機關在檢查生產企業偷稅漏稅證據時，與之相關聯的公司，如原料供應商、銷售對象等，都會成為檢查取證的對象，間接接受稅務機關的檢查。
第三，系統比較。這是稅務局目前最常用的方法。比如去年全國各地稅務機關投入使用的金稅三期系統，以及各地稅務機關根據當地稅務情況自行開發的信息系統，會根據企業的各種報表信息，分析稅務疑點，涉及系統中上百個風險點，壹旦分析出企業稅務存在疑點，會給出預警。比如壹個工業企業的水電費用常年居高不下，但利潤表卻顯示連續虧損，系統會提醒稅務部門去查，因為正常企業虧損，工廠就會減產甚至不供，不可能常年繳納高額的水電費用。
法律依據:《中華人民共和國刑法》
第二百零壹條納稅人進行虛假的納稅申報或者采取欺騙、隱瞞手段不進行納稅申報，逃避繳納稅款數額較大，占應納稅額百分之十以上的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金；數額巨大，占應納稅額百分之三十以上的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處罰金。扣繳義務人采取前款所列手段不繳或者少繳代扣代繳、代收代繳稅款，數額較大的，依照前款的規定處罰。前兩款行為多次實施而未處理的，按照累計數額計算。有第壹款行為，經稅務機關依法發出追繳通知書，補繳應納稅款和滯納金，受到行政處罰的，不再追究刑事責任；但五年內因偷稅受過刑事處罰或者兩次以上被稅務機關給予行政處罰的除外。
第二百零三條納稅人轉移、隱匿財產，不繳納應納稅款，稅務機關無法追繳的，數額在壹萬元以上不滿十萬元的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處罰金壹倍以上五倍以下罰金；數額在十萬元以上的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處未繳稅款壹倍以上五倍以下罰金。