我國土地增值稅實施細則規定，對從事房地產開發的企業，在繳納土地增值稅時允許按取得土地使用權時所支付的金額和房地產開發成本之和，加計20%的扣除。由於房地產開發成本費用繁多，核算比較麻煩，房地產開發企業在開展土地增值稅清算時，特別是加計20%的扣除時，需要特別註意。
第壹，取得土地使用權時所繳契稅可計入加計扣除基數。房地產開發企業取得土地使用權時支付契稅的扣除問題，《國家稅務總局關於土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）第五條規定，房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應視同“按國家統壹規定交納的有關費用”，計入“取得土地使用權所支付的金額”中扣除。根據上述規定，房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應計入“取得土地使用權所支付的金額”，可作為加計扣除20%的基數。
第二，裝修費用能否加計扣除視情而論。《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）第四條第（四）款規定，房地產開發企業銷售已裝修的房屋，其裝修費用可以計入房地產開發成本，作為土地增值稅的扣除項目。既然規定裝修費用可以計入開發成本，則應當允許土地增值稅加計扣除；對於房屋的精裝修部分，如果屬於與房屋不可分離，壹旦分離將會導致房屋結構、功能損壞的部分，應當允許土地增值稅加計扣除。但是，對於電視機、壁式空調等可以分離的部分，不得作為房地產開發成本，且不得加計扣除。總之，凡以建築物或構築物為載體，移動後會引起性質、形狀改變或者功能受損的裝修裝飾物支出，可以作為開發成本計算扣除。上述之外的其他裝修裝飾費用支出，壹律不得作為開發成本扣除。
第三，轉讓舊房準予扣除項目的加計率按每年加計5%計算。上述國稅函〔2010〕220號文件第七條規定，納稅人轉讓舊房及建築物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務機關確認，可按發票所載金額並從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。計算扣除項目時“每年”按購房發票所載日期起至售房發票開具之日止，每滿12個月計1年。超過1年，未滿12個月但超過6個月，可以視同為1年計算。
第四，房地產企業單獨修建的售樓部、樣板房等營銷設施費，應分不同情況處理。
（壹）房地產企業在開發小區內、主體外修建臨時性建築物作為售樓部、樣板房的，其發生的設計、建造、裝修等費用，應計入房地產銷售費用扣除。售樓部、樣板房內的資產，如空調、電視機等資產性購置支出不得在銷售費用中列支。
（二）房地產企業在主體內修建臨時售樓部、樣板房的，其發生的設計、建造、裝修等費用，建成後有償轉讓的，應計算收入並準予扣除。
（三）房地產企業利用規劃配套設施發生的售樓部、樣板房的設計、建造、裝修等費用，如果建成後產權屬於全體業主所有的，其成本、費用可以扣除；如果建成後無償移交給政府、公用事業單位用於非營利性社會公***事業的，其成本、費用可以扣除；如果建成後有償轉讓的，應計算收入，並準予扣除成本、費用。
第五，取得土地使用權所支付的費用，不包括政府以各種形式減免或者返還的金額。在計算土地增值稅時，取得土地使用權支付的地價款，應以納稅人實際支付土地出讓金減去因受讓該宗土地時政府以各種形式支付給納稅人的經濟利益。按照房地產企業財務會計制度規定，以上支出在“開發成本”中列支，收到返還的上述資金應沖減開發成本，在進行土地增值稅清算時，應將上述實際支付的政府代收費用從“開發成本”調入“財政部規定的其他扣除項目”，不享受加計20%扣除的優惠。
第六，實際支付的代收費用可予以扣除，但不允許作為加計扣除的基數。《國家稅務總局關於印發〈土地增值稅清算鑒證業務準則〉的通知》（國稅發〔2007〕132號）第二十五條規定，對納稅人按縣級以上人民政府的規定在售房時代收的各項費用，應區分不同情形分別處理。
（壹）代收費用計入房價向購買方壹並收取的，應將代收費用作為轉讓房地產所取得的收入計稅。實際支付的代收費用，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計扣除的基數。
（二）代收費用在房價之外單獨收取且未計入房地產價格的，不作為轉讓房地產的收入，在計算增值額時不允許扣除代收費用。
由於土地增值稅是地方稅，具體操作辦法由各地稅務機關制定實施，所以全國各地不完全壹樣，有時同壹省的不同省轄市之間也有差異。目前壹般有以下費用作為政府代收費不允許加計扣除，包括市政公用基礎設施配套費、防空地下室易地建設收費、新型墻體材料專項基金、白蟻防治費、散裝水泥專項基金。