壹是分支機構按照分支機構所在地同行業適用稅率計算應納所得稅。根據國稅發[1997]049號，外商投資企業在中國境內從事產品生產、商品貿易、服務和其他業務的分支機構的生產經營所得，適用分支機構所在地同類業務適用的企業所得稅稅率。外商投資企業在中國境內生產銷售本企業產品時，不論是否設立銷售機構進行銷售，也不論銷售機構的核算方法，其生產銷售本企業產品所取得的利潤，應由總機構按照實際生產機構所在地適用的企業所得稅稅率計算繳納。所以，銷售分公司銷售自己的產品，就應該按照產地的稅率納稅。
二是總機構代收代繳稅款後，分支機構必須向當地主管稅務機關報送總機構的完稅證明、年度申報表和會計報表。根據新修訂的《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈外商投資企業和外國企業所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》(國稅發[2003]013號)規定，實行匯總納稅後，分支機構應於每年5月31日前向匯繳機構主管稅務機關索取外商投資企業和外國企業所得稅匯總或合並申報憑證，並於2012年5月30日前向匯繳機構主管稅務機關索取《外商投資企業和外國企業所得稅匯總或合並申報憑證》。
第三是關於彌補虧損的問題。根據《中華人民共和國國家稅務總局關於執行外商投資企業和外國企業所得稅法若幹問題的通知》(國稅發[2000]152號)，外商投資企業和外國企業在中國境內分支機構或營業機構合並或匯總申報企業所得稅時，部分機構發生虧損時，應先用相同稅率機構的利潤抵減；如果沒有同稅率機構的利潤，可以用與虧損機構稅率相近的機構利潤抵消。
四是連鎖經營的規範。根據《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於連鎖企業有關稅收問題的通知》(財稅[2003]001號)，從事跨地區連鎖經營的外商投資企業，由總機構向當地主管稅務機關繳納企業所得稅。