根據上述職責，市衛生局設11個職能處室： （壹）辦公室。牽頭負責深化醫改和衛生創強工作；擬訂全局工作計劃及綜合性文件；協助局領導對全市衛生工作進行綜合、協調、督辦和反饋；負責局機關文電、會務、檔案、機要、保密、政務公開、安全生產、制度建設、後勤事務管理等日常政務工作；指導推進全市衛生信息化建設，負責局機關行政辦公信息化實施工作；承擔新聞發言人、媒體聯絡和宣傳、輿情信息監測工作；負責市人大代表建議、市政協委員提案辦理和處理群眾來信來訪工作；負責局機關和市直屬醫療衛生單位職工住房改革（貨幣化補助）管理工作。
（二）人事處。擬訂並組織實施全市衛生人才發展規劃，合理配置衛生人才資源，指導衛生事業單位人事分配制度改革；負責局機關和指導直屬單位機構、編制、崗位設置、人員招聘與選調、工資、人事檔案、計劃生育內部人員管理工作；負責局機關公務員及其直屬單位領導幹部任免、培訓、考核和後備幹部隊伍建設等具體工作；配合有關部門開展衛生行業專業技術職務評審和專家管理工作；負責局機關及指導直屬單位外事活動和國外（境外）合作與交流，以及離退休人員管理和服務工作；負責出國（境）團組、人員政審；牽頭負責市直屬醫療衛生單位文明單位創建、結對***建工作；負責市衛生系統綜合性表彰、人大代表和政協委員推選、統戰、對口聯系和援疆援藏、農村指導員、綜治、維穩、雙擁等工作。
（三）行政審批處（法規處）。負責制定衛生行政審批和法制工作相關制度、規劃和計劃並組織實施；負責衛生行政許可和非行政許可審批工作；組織實施衛生行政執法責任制工作，協調推進依法行政工作；牽頭負責衛生行政執法的指導、審核和備案工作，監督衛生行政執法行為；負責衛生行政聽證、行政復議、行政應訴和行政賠償工作；負責行政規範性文件合法性審核和備案工作，參與衛生行政重大決策的合法性論證與審核；會同業務處室承擔衛生法律規範適用中的行政解釋工作；組織、指導衛生法制宣傳教育工作。
（四）規劃財務處。擬訂全市衛生事業發展規劃、中長期衛生經濟發展戰略和年度計劃。指導區域（縣域）衛生規劃編制；擬訂全市衛生資源配置標準、衛生裝備標準和計劃並組織實施，負責制定大型醫用設備配置規劃；負責組織實施國家基本藥物制度；指導推進公立醫院經濟運行機制改革；負責編審全市衛生事業經費預、決算及管理工作，負責局機關會計核算和財務管理，以及市直屬醫療衛生單位財務、基建、節能減排、國有資產監管工作，指導縣（市、區）重大衛生建設項目和基層醫療衛生機構的基本建設；組織實施直屬單位法人代表經濟責任審計及其他審計工作；負責全市衛生統計、綜合效益評價工作；負責市級醫療衛生單位總會計師、財務科長人員委派和日常業務管理；負責醫療器械部門采購管理，以及藥品和衛生耗材集中采購日常監管工作；統籌安排衛生援助項目和扶貧工作經費；會同有關部門監管醫療衛生服務指導價格執行情況，參與做好全市城鎮職工基本醫療保險制度改革等工作。
（五）醫政處。牽頭擬訂公立醫院管理體制改革政策並指導實施；擬訂醫療機構設置規劃；參與擬訂社會資本參與醫療衛生事業發展政策措施，指導和監督民營醫療機構健康規範發展；監管醫療機構醫療和服務質量；依法監管醫療機構和采供血機構及其執業人員執業活動；負責醫療技術準入許可審核和醫療廢棄物管理；負責管理醫療機構內部藥事及醫療器械工作，參與國家基本藥物制度貫徹落實；負責醫療救護和醫療隊的組織協調工作，協助有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急搶救；負責醫療糾紛處置管理和采供血機構及臨床用血質量的監管；指導院前急救體系建設；負責城市醫院支援農村、社區醫療工作（對口支援）；負責聯系醫學會、護理學會、醫院管理協會等社會團體和市級醫療質控中心、殘聯、慈善團體等工作；擬訂並組織實施全市醫學科技和教育發展規劃、年度計劃和重點學科（專科）建設，組織指導科研攻關、科技協作和科普工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全監管工作；承擔開展繼續醫學教育、全科醫學教育和畢業後醫學教育工作，組織指導衛生專業技術崗位培訓。
（六）基層衛生與婦幼保健處。負責社區衛生、農村衛生、婦幼保健業務工作的監管和指導，擬訂並監督實施相關發展規劃和計劃，推進基層衛生體制機制改革；指導農村衛生服務體系建設；擬訂基層衛生服務標準化建設方案和服務規範；牽頭組織實施基層基本公***衛生服務均等化與相關重大公***衛生服務項目以及基本醫療衛生服務工作；指導制定基層醫療衛生和婦幼保健機構基本建設規劃；指導農村鄉村醫生執業考核；組織開展生殖健康和計劃生育技術服務工作；依法監督母嬰保健專項技術的實施。 （七）中醫處。負責全市中醫醫政工作，擬訂並組織實施全市中醫藥、民族醫藥和中西醫結合發展規劃及年度計劃；負責全市醫療機構中醫藥事業發展，指導中醫藥項目建設；參與擬訂中醫（中西醫結合）醫療機構設置規劃，負責中醫醫療、保健技術的準入管理；參與處理中醫醫療機構醫療糾紛；擬訂並組織實施中醫藥科學研究計劃，促進中醫藥科技成果轉化、應用和適宜技術推廣；擬訂全市中醫藥人才發展規劃，組織開展中醫藥人才培養和中醫藥繼續教育工作；參與擬訂全市中藥產業發展規劃和政策；負責組織全市傳統醫學師承工作；指導中醫古典醫籍、文獻的整理和學術研究；宣傳中醫藥文化科普知識；指導和協調中醫藥國際交流，以及與港澳臺的中醫藥合作。
（八）疾控監督處（公***衛生應急處理辦公室、突發公***衛生事件應急指揮中心）。負責疾病預防控制和衛生監督機構的業務指導和宏觀管理工作；擬訂全市重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施和依法管理；會同有關部門完善全市重大疾病防控體系，防控疾病發生和疫情蔓延；組織實施相關重大公***衛生服務項目，參與基本公***衛生服務項目實施；負責傳染病防治、職業衛生、公***場所衛生、生活飲用水衛生、愛國衛生等工作監管。組織擬訂有關突發公***衛生事件應急處置和緊急醫學救援預案並進行演練，建立健全有關監測和預警系統，協調應急處置和緊急醫療救援工作；負責衛生系統反恐工作；指導公***衛生隊伍建設，組織隊伍培訓管理；承擔市公***衛生委員會辦公室日常工作。
（九）食品安全綜合協調處。組織協調有關部門擬訂食品安全管理規劃並監督實施；依法行使食品安全管理的綜合監督職責，組織協調有關部門履行食品安全管理職能，組織協調食品安全專項執法監督檢查活動；綜合協調食品安全監測與評價工作；收集、分析、預測及上報食品安全綜合信息，並適時向社會公布；依法組織開展對重大食品安全事故的查處；協調配合有關部門開展食品重大安全事故應急救援工作；承擔市食品安全委員會辦公室日常工作。
（十）幹部保健處（市體檢中心）。擬訂市幹部保健事業規劃，開展智慧健康保障體系建設和健康教育活動；負責來溫中央、省領導、外市主要領導、知名人士和重要外賓的醫療保健，以及國際性、國家、省和市內重大會議或大型活動等醫療保障工作；負責管理市保健委員會確定保健對象的醫療保健、健康療養和健康體檢，建立健康檔案，以及醫療經費歸口管理和審核報銷工作；負責管理市級機關事業單位工作人員健康體檢工作；負責征兵與招生等健康體檢管理工作；負責幹部保健定點醫院和各縣（市、區）幹部保健相關業務指導工作；負責幹部醫療保健專家的工作聯絡；承擔市幹部保健委員會辦公室日常工作。
（十壹）市愛國衛生運動委員會辦公室。組織有關愛國衛生工作法規、規章和政策的實施與監督；擬訂愛國衛生運動規劃和年度計劃；組織指導全市衛生城市（縣城、鄉鎮〔街道〕、村）和衛生單位創建，以及城鄉病媒生物預防控制工作；負責農村生活飲用水水質衛生管理和農村改廁工作的監督和技術指導；組織開展群眾性衛生監督和衛生競賽活動；協調健康促進與健康教育工作；組織開展愛國衛生運動方面的科研活動、信息交流及經驗推廣工作；承擔市愛國衛生運動委員會辦公室日常工作。
機關黨委。負責局機關及其直屬單位的黨群工作。