但如何來定性善意和惡意，稅務部門壹直感覺操作難度很大。壹方面，由於目前企業間的購銷業務、資金結算形式多種多樣，比如發票開票方推銷貨物並送貨上門、受票方現金結算、銀行匯票背書等等，這些交易和結算的形式給稅務部門認定納稅人是善意或惡意取得虛開發票帶來了困難。另壹方面，有的納稅人實施了惡意取得虛開的增值稅專用發票，但通過做假賬、做偽證、發票開票方與接受方串通壹氣等形式加以掩蓋，稅務部門難取證，給定性帶來難度。再有，部分稅務幹部業務水平不高，片面強調有貨物購進就行，檢查流於形式，停留在翻翻賬、對對數據淺層次上，難以發現深層次的問題。
其實，甄別納稅人究竟是善意還是惡意取得虛開發票還是有路徑可循的，關鍵是要在調查取證中突破就賬查賬的傳統做法，通過認真分析“票、貨、款”運行的全過程，準確分清納稅人的善意和惡意行為。
在購貨方（受票方）不知道取得的增值稅專用發票（以下簡稱專用發票）是銷售方虛開的情況下，對購貨方應當如何處理的問題不夠明確。經研究，現明確如下：
購貨方與銷售方存在真實的交易，銷售方使用的是其所在省（自治區、直轄市和計劃單列市）的專用發票，專用發票註明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容與實際相符，且沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的，對購貨方不以偷稅或者騙取出口退稅論處。但應按有關規定不予抵扣進項稅款或者不予出口退稅；購貨方已經抵扣的進項稅款或者取得的出口退稅，應依法追繳。
購貨方能夠重新從銷售方取得防偽稅控系統開出的合法、有效專用發票的，或者取得手工開出的合法、有效專用發票且取得了銷售方所在地稅務機關已經或者正在依法對銷售方虛開專用發票行為進行查處證明的，購貨方所在地稅務機關應依法準予抵扣進項稅款或者出口退稅。
如有證據表明購貨方在進項稅款得到抵扣、或者獲得出口退稅前知道該專用發票是銷售方以非法手段獲得的，對購貨方應按《國家稅務總局關於納稅人取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅發[1997]134號）和《國家稅務總局關於〈國家稅務總局關於納稅人取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知〉的補充通知》（國稅發[2000]182號）的規定處理。