（壹）缺乏統壹的登記依據和程序
由於缺乏統壹的商業登記基本法，使得不同的企業都有著自身獨立的登記立法，而且不同責任形式，不同所有制的商主體具有不同的登記審批程序。這種分散立法的情況，使得商主體在進入市場前就出現了很大的差異性，入門的門檻高低不平，等於人為地在市場準入方面設置了相應的障礙，違反了市場競爭的公平性原則。
（二）缺乏良好的公開性和透明性
受計劃經濟時代形成的“官本位”思想的影響，商事登記機關並沒有樹立民主意識和公開意識，沒有自覺接受公眾的監督，從而導致商事登記的不足。
壹方面，在登記之前，沒有對相應的規定進行有效告知。在我國的《行政許可法》中，第五條第二款明確規定：有關行政許可的規定應當公布；未經公布的，不得作為實施行政許可的依據。而在其他相關法律中，對於應該公示的內容都有著明確的規定。但是，當前許多商事登記機關並沒有提供合理有效的信息通知，使得商主體在申請登記前，並不了解相關的規範和要求，存在很大的盲目性，不僅降低了登記工作的效率，同時也是對商主體知情權的侵犯。
另壹方面，缺乏對於登記過程的有效監管。部分商事登記機關在對商主體的登記申請進行審查時，沒有對審查人員的資格、工作進展、審查流程等進行公示，也沒有自覺接受公眾監督，導致暗箱操作的存在，不僅滋生了貪汙腐敗問題，還會影響政府的權威性。
（三）缺乏完善健全的公示制度
商事登記的主要目的之壹，就是對信息進行公示，維護交易安全。但是，我國現行的法律法規對於商事登記公示制度的規定極其簡單，制度不夠健全，社會公眾能夠看到的，只有企業的登記申報文件、變更事項等，使得相應的公開規定並沒有得到充分的貫徹落實。同時，在公示途徑方面，以公告為主，分為開業登記公告、名稱變更公告和註銷登記公告，而忽視了其他形式的公告。
（四）缺乏合理的審查原則
審查原則是否合理，會直接影響審查效果的好壞。在不斷的發展和改進過程中，我國商事登記審查原則實現了由實質審查到折中審查的轉變，有效解決了實質審查中存在的不足。但是，折中審查雖然看似對實質審查和形式審查各自的優點進行了綜合，但是由於授予了登記機關采取實質審查的權利，給不正當的行政幹預提供了條件，很容易滋生地方保護主義，影響社會經濟的健康發展。
二、所謂的商事登記是指商主體的申辦人為了保證主體資格設立、變更或者其他經營活動的有效進行，按照法律規定的程序和內容，以向第三方或者社會宣示某種關系或事實的存在為目標，將相關事項向登記義務機關申請記載，經登記義務機關審查後，在商事登記薄上進行登記的壹種法律行為。
而商事登記制度，則是政府部門為了對商事登記機關、商事主體等之間的法律關系進行調整，對商事主體的設立、變更等進行規範，而制定出的法律法規的統稱。