當壹個增值稅壹般納稅人，提供建築服務，選擇壹般計稅方法，企業進行納稅申報時，在附表壹第12列中11%適用稅率填列了差額扣除數，在《營改增稅負分析測算明細表》中填列的應稅項目名稱為稅率11%的建築服務，同時在第4列進行差額扣除，未進行進項抵扣。這個時候就容易犯錯誤了，正確的處理方式是應將分包款進行進項抵扣，不應采用差額扣除方式。
如果公司是壹個提供勞務派遣服務的增值稅壹般納稅人，其發票使用差額開票功能開具稅率6%發票，納稅申報填報6%適用稅率的同時，在附表壹第12列及《營改增稅負分析測算明細表》中第4列填列了差額扣除數。那麽問題就來了，正確的做法是應開具5%稅率的發票，同時進行差額扣除；如選擇壹般計稅方法，應全額開具6%稅率的發票，同時進行進項抵扣；既選擇差額計稅方式又開具稅率6%發票進行申報，是錯誤地將兩種計稅方式混淆起來。
根據文件規定，企業提供勞務派遣服務，可以取得的全部價款和價外費用為銷售額，按照壹般計稅方法6%稅率計算繳納增值稅；也可以選擇差額納稅，以取得的全部價款和價外費用，扣除代用工單位支付給勞務派遣員工的工資、福利和為其辦理社會保險及住房公積金後的余額為銷售額，按照簡易計稅方法依5%的征收率計算繳納增值稅。
房地產開發企業的增值稅壹般納稅人，適用增值稅壹般計稅方法，企業進行納稅申報時，在《營改增稅負分析測算明細表》中第4列中增值稅服務、不動產和無形資產扣除項目本期實際扣除金額填列了所扣除的土地價款，同時在第11列原營業稅稅制下服務、不動產和無形資產差額扣除項目本期實際扣除金額壹並填列土地價款。正確姿勢是應在第4列增值稅服務、不動產和無形資產扣除項目本期實際扣除金額填列差額扣除數，不應在第11列原營業稅稅制下服務、不動產和無形資產差額扣除項目本期實際扣除金額中填列差額扣除數，否則將使測算情況下營業稅應納稅額下降，導致無法準確對企業營改增稅負變化進行測算。
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