總體概況
截至2009年5月1日，香港海關的編制為5592個職位;其中9個屬首長級職位，4489個為香港海關部隊職位，459為貿易管制主任職系職位，而壹般及***通職系職位則***占635個。 香港海關的首長為海關關長，由壹名海關副關長協助處理部門事務， 另五名首長級人員分別掌管轄下五個工作單位。五個工作單位包括：行政及人力資源發展處（AD分處）、邊境及港口處（BP分處）、稅務及策略支援處（ES分處）、情報及調查處（II分處），及貿易管制處。
現時的海關總部和各個科系的辦事處及設施分布在香港不同地點和地區。這項安排影響海關的行動效率、令人關註保安問題，並對有需要親身使用海關服務的市民造成不便。因此政府在北角渣華道與電照街交界興建新海關總部大樓。新總部樓高34層，提供約28,000平方米的樓面面積，可以容納1,800多名海關人員壹同工作。2007年10月動工，預計2010年落成。
行政及發展處
負責內務行政、財務管理、人力資源管理和行政支援服務等工作，下轄內務行政科、財務管理科、部隊行政科、訓練及發展科、檢控及管理支援科及投訴調查課。行政及發展處的首長為助理關長(行政及發展)。
邊境及港口處
負責所有關於出入境管制站管制和便利清關職能的事宜、以及負責管轄機場科、陸路邊境口岸科、鐵路及渡輪口岸科、港口及海域科及特別職務隊。邊境及港口處的首長為助理關長(邊境及港口)。
稅務及策略支援處
稅務及策略支援處負責有關保障稅收及稅務管制、應課稅品、向首長級人員提供智囊服務和行政支援服務、項目籌劃和發展的工作、資訊科技發展、國際海關聯絡及合作、協調代理服務，下轄應課稅品科、海關聯絡科、策略研究科、項目策劃及發展科、資訊科技科及新聞組。稅務及策略支援處的首長為助理關長(稅務及策略支援)。
情報及調查處
情報及調查處負責關於毒品、知識產權、制訂政策和策略以推廣在海關行動中進壹步使用情報和風險管理的事宜，指示有關保護知識產權事宜的執法和調查工作，並負責調查和遏止非法販運危險藥物、執行毒品/有組織罪行資產充公法例條文、管制化學品，下轄海關毒品調查科、情報科、版權及商標調查科、稅收及壹般調查科，及特遣隊。情報及調查處的首長為助理關長(情報及調查)。
貿易管制處
貿易管制處由貿易管制主任職系的文職人員組成，負責商務及經濟發展局轄內有關貿易管制的事宜，貿易管理及保障消費者的執行工作， 下轄壹般調查及制度科、緊貿安排及貿易視察科、貿易調查科、商品說明及貨物轉運管制科、消費者保障科。貿易管制處的首長為貿易管制處處長(職級為高級首席貿易管制主任)。