《高新技術企業認定管理辦法》和《工作指引》對高新技術企業在知識產權、高新技術領域、研發費用、高新收入、人員、研究開發組織管理水平、科技成果轉化能力等方面均設置了嚴格的條件，隨著主管機關在實踐中對高新技術企業標準日趨嚴格，尤其是對企業在核心技術和自主研發方面的要求不斷提高，企業在高新資格認定和復審過程中面臨著很大的未通過的風險。
第二， 未通過稅務備案的風險
由於稅務機關對企業的實際情況頗為了解，其在企業申請減免稅備案時，往往會根據企業申報備案提供的資料以及其多年來掌握的企業涉稅情況，認真核實企業的各方面資質是否確實滿足高新技術企業的要求。在稅收任務日趨繁重的情況下，稅務機關將在企業減免稅備案方面加大審核力度，這客觀上加大了企業稅務備案的難度和不確定性，同時也加劇了企業未通過稅務備案的風險。
第三，在有效期內高新檢查的風險
2013年年初，科技部、財政部、國家稅務總局聯合下發《關於開展高新技術企業認定管理工作檢查的通知》，擬在全國範圍內開展對高新技術企業認定管理工作的檢查，相較於以往年度財政部、審計署等部門單獨開展的針對某些區域的高新技術企業的專項檢查、抽查工作，本次聯合檢查標誌著主管機關在高新檢查的檢查方式、檢查範圍、檢查力度等方面達到的新高度。在經濟增速回落、市場需求不足、結構性減稅等因素的影響下，上述文件的出臺絕非偶然，在宏觀經濟沒有明顯的好轉的情況下，未來幾年高新檢查的嚴峻趨勢仍將持續。因此，尚處有效期內的高新技術企業面臨的高新檢查風險空前。
第四，高新資格被撤銷需補繳稅款的風險
由於相關規定對高新技術企業在諸多方面均設置了嚴格的條件，為享受高新技術企業的稅收優惠，有的企業在申報過程中采取了壹些變通的做法，甚至提供了部分不實資料。隨著高新資格檢查的力度增強，在後續頻繁的檢查過程中，上述不符合條件的企業將面臨著很大的高新資格被撤銷的風險。
如果企業的高新資格被撤銷，以前年度享受的高新稅收優惠都會被稅務機關後續如數追回，此外還需繳納相應的滯納金。通常而言，企業累計享受的稅收優惠數額加上每日萬分之五的滯納金，將是壹筆非常可觀的數目。因此，高新資格的後續維持對企業的持續經營而言至關重要，壹旦企業的高新資格被撤銷，將面臨著後續在指定期限內補繳高額稅款和滯納金的風險。
第五，五年內不得申請高新，按25%稅率納稅
根據《認定管理辦法》的規定，被取消高新技術企業資格的企業，認定機構在5年內不再受理該企業的認定申請。對於盈利能力較強的科技企業而言，五年內不得申請高新是壹筆巨大的經濟損失，因而五年內不得申請高新亦是企業需要高度關註的風險之壹。
第六，上市及擬上市公司的特別稅務風險
高新資格對於上市公司的聲譽、品牌、核心競爭力和業績而言均具有特別的意義。通常而言，上市公司或其控股子公司通過高新資格認定或復審將構成重大利好消息，公司業績預計將有較大幅度的增長，股價也隨即將在多個交易日持續上漲。相反，上市公司如果發布重大補稅公告，亦將給上市公司帶來不可估量的損失，如深陷“偽高新門”的貝因美。