合理避稅就是說企業通過合乎法律法規的正當手段規避或者享受稅收優惠。通常來說，新三板企業可以通過以下幾種方式進行合理避稅：
.利用稅收優惠政策進行避稅：可以利用產業性稅收優惠政策、區域性稅收優惠政策以及財政扶持與補貼政策進行節稅。
.營改增制度下，營業稅改為增值稅後，有利於消除重復征稅，可以有效降低納稅人稅負。
.可以利用多企業稅務架構設計進行避稅：在海外投資中，企業可以通過良好的稅務架構，在不同國家和地區設立壹系列特殊載體公司並以適當資本形式註入，使得從海外項目或資產到我們投資主體的國際稅負綜合最低。實際操作中，可以通過對持股架構、資本架構的設計進行避稅。
.合夥持股更節稅：為激勵員工的目的，多數掛牌企業會在股份制改造前實施股權激勵。作為股權激勵的組織形式，可以采用個人直接持股的方式，也可以采用設立持股平臺的方式進行。公司制持股平臺的稅負高，而有限合夥持股平臺具有稅收優勢，安排靈活方便，故應考慮有限合夥企業作為高管持股平臺的可能性以發揮其稅務優勢。另外，許多地方對合夥企業還有進壹步的稅收優惠。
.關聯交易盡量少：稅務機關出於反避稅的目的，會對關聯交易非常關註，特別在“新三板”掛牌的公司，其關聯交易必須公開披露，也應該格外註意其中的涉稅風險。因此，企業需要考慮關聯交易的必要性，不應為了享受稅收優惠而虛構關聯交易，同時也應該關註關聯交易的定價機制和交易價格的公允性，以此來減少被稅務機關特別納稅調整的風險。
.合理的員工薪酬體系與福利制度：賬務中會出現壹些費用不能在稅前扣除，企業可以盡量規避這些不能再稅前扣除的科目。比如由於交通事故產生的員工醫藥費，可以按交通事故放在營業外支出科目，這樣年度所得稅清繳時必須調增，如果放在職工福利費不超過工資總額的14%也是可以的，這樣就合理規避了企業所得稅。