分稅制財政管理體制改革的出發點之壹是承認既得利益，在調節地區間的差距上沒有采取直接有效的措施，只是希望中央通過在財政收入增量分配中多得財力，同時實行轉移支付制度來縮小地區間的收入差距。然而，新出臺的壹些政策措施還不自覺地拉大了地區間的收入差距。如分稅制財政體制在新增收入的分配上實行“壹刀切”的上繳和留成辦法，忽視了經濟發達地區和欠發達地區的差別。客觀上使得壹些高比例留成的經濟欠發達地區財政收入雖大幅度增長，但可用財力占財政收入的比重卻在逐年下降。而原來壹些低比例分成的經濟發達地區得到了更多的財政利益。這種逆向分配的格局，進壹步加劇了地區間的貧富差距。
2、財政收入預算級次的劃分不夠規範，國地稅收征管不協調，地方稅收體系越來越弱化，地方財政收入的空間受到嚴重擠壓。表現在：
壹是沒有完全遵循分稅的原則。比如鐵道、民航等部門的所有稅種均作為中央財政收入，不符合分稅的原則。
二是稅收返還的辦法既不合理，也不規範。現行分稅制財政體制規定，中央對地方的稅收返還以1993年為基數逐年遞增的。沒有按“兩稅”實際增量的絕對額返還，存在重復打折的現象。
三是征收不協調。實行分稅制以後，稅收征管機構分設為國家稅務局和地方稅務局，由於財政收入級次劃分的不規範，同壹稅種（如企業所得稅）有的同時需要國地稅兩套機構雙重征管，直接導致中央與地方稅收征管的“越位”和“缺位”，既不利於提高稅收效率，也加大了稅收成本。
四是存有不適應市場經濟的發展的地方。目前，在我國財政收入的構成中，中央稅收和***享稅占全部財政收入的70%左右，而地方稅收的比重很小，尤其是近幾年呈相對下降的趨勢。
3、稅收立法滯後，地方政府沒有相應的稅權，稅收管理制度不健全。現行稅制中，只有少數的稅收法規是由立法機構正式立法的，多數是以暫行條例等形式出現的。稅收調節社會經濟的功能明顯滯後；稅收管理制度不健全，尤其是地方稅的征管缺乏規範性；行政性收費、各種基金名目繁多，“費改稅”進展緩慢。與此同時，地方政府稅權僅限於在地方稅征收管理上制定壹些具體的征收辦法和補充措施的權力。這與分稅制的要求相比差距較大，與中央賦予地方政府的權責不相稱，這不利於發揮地方政府管理稅收的積極性，也不利於規範完善地方財政的分配關系。
4、轉移支付制度不完善。主要表現在：
壹是壹般性轉移支付制度還不規範。分稅制改革後實行的稅收返還，按照國際貨幣基金組織實行的政府財政統計口徑，也是壹種轉移支付形式。但是，這種辦法是在原體制基數法上演變過來的，對由於歷史原因造成的地區間財力分配不均的格局基本沒有觸動。同樣，目前實行的體制補助和上解更是從原來體制延用過來的。這些返還和補助，由中央財政列支撥出返給地方，中央不規定用途，由地方自主安排使用，從性質上講屬於壹般性轉移支付，但由於其決定因素不是地方標準收入和支出的差額，而是新舊體制銜接過程的既得利益補償，因此，對均衡地方財力、解決地區間公***服務水平差異的作用並不明顯。1995年後雖然采用過渡期轉移支付辦法，對困難地區增加壹些補助，但由於中央財政困難，這部分相對規範的轉移支付數量有限，均衡作用不大。
二是中央對地方專項補助（撥款）分配和使用與財政分級管理的原則不相適應。相當部分專款用於地方事權範圍和支出，體現中央事權和宏觀調控的作用不夠。分配的辦法也有待進壹步規範。三是中央政府有關部門管理的某些補助地方的資金，如預算內基本建設投資、技術改造、農業開發投資等，還沒有統壹納入中央政府對地方的轉移支付範疇，與財政轉移支付資金的統籌運用存在脫節現象。