(1)辦公室
負責文電、會議、機要文件、檔案等機關的日常運行；承辦政府信息、政務公開、提案辦理、督查、保密、信訪、電子政務等工作；承辦財務、資產管理、內部審計等工作。
(2)發展規劃辦公室
組織制定國民經濟和社會發展中長期規劃，研究提出國民經濟中長期發展戰略、生產力布局、總量平衡和結構調整的目標和政策建議；組織和參與編制國民經濟和社會發展專項規劃和重點區域規劃，做好各地區、各行業發展規劃和專項規劃、政策的銜接和平衡；負責國內項目進口設備的免稅確認；參與重大固定資產投資項目的審查。
(3)國民經濟綜合辦公室(政策研究室)
組織研究提出自治區年度國民經濟和社會發展計劃，包括總量平衡、發展速度、結構調整、價格總水平等目標和相應的政策措施；監督檢查年度計劃的執行情況，提出對策和建議；研究分析自治區宏觀經濟形勢，負責宏觀經濟和社會發展的預測和預警，提出政策措施和建議；負責價格制定的審核和批準。起草重要文件；研究提出民族地區發展政策；經濟和社會發展政策執行情況的後續分析和評價；組織研究自治區經濟社會發展、改革開放等重大問題；牽頭組織重大科研項目，負責協會、學會的管理工作；承擔新聞發布和信息引導工作。
(4)經濟體制綜合改革司
研究經濟體制改革和對外開放的重大問題；研究制定自治區經濟體制改革的長遠規劃和年度工作要點；組織制定綜合性經濟體制改革方案；承擔相關專項改革方案實施中的協調和銜接工作；指導和協調小城鎮的改革和發展。指導經濟體制改革試點工作；協調解決經濟體制改革過程中的重大問題。
(五)固定資產投資辦公室(自治區涉外(建設)項目國家安全審查辦公室)
監測分析全社會固定資產投資運行情況，發布投資信息；研究提出全社會固定資產投資的相關政策；匯總編制固定資產投資中長期規劃、年度計劃和初步項目計劃，提出固定資產投資總規模和投資結構的控制目標、政策、措施和資金來源；起草有關固定資產投資管理的法律法規；提出深化投資體制改革、修訂投資核準目錄的建議；按照管理權限，負責自治區各行業固定資產投資項目的審核上報、審批、核準和備案；審核、審批、上報和下達國家補助投資項目計劃；負責安排自治區財政預算中的固定資產投資計劃；引導工程咨詢業發展。承擔自治區涉外(建設)項目國家安全審查辦公室的具體工作。
(六)利用外資和海外投資司
研究提出自治區利用外資和境外投資的戰略、規劃、總量平衡和結構優化目標和政策，以及利用國外貸款的項目和資金計劃；負責審查、上報、審批和核準國外貸款項目、國外直接投資項目和境外投資項目；負責國外貸款項目招標方案的審查，招標活動的監督管理，貸款項目竣工驗收和項目監測評估全過程的檢查監督；協調相關部門的業務關系；辦理外商投資項目進口設備免稅確認手續；會同有關部門指導、協調和審查自治區各類開發區等經濟特區和開放區的規劃、布局和設立；會同有關部門做好招商引資工作；承擔自治區人民政府外資領導小組辦公室和項目投資辦公室的具體工作。
(7)區域經濟辦公室
組織研究提出自治區區域經濟發展的戰略、規劃和政策措施；參與制定土地開發整治計劃並協調相關政策，參與制定和發布土地利用、地質礦產勘查、基礎測繪和水資源平衡計劃；審批和下達礦產資源補償費和地質勘查項目計劃；負責歸口行業固定資產投資項目的審核、上報、審批、核準和備案；組織協調地區間的橫向經濟合作；協調推進自治區空間信息基礎設施建設；組織實施自治區主體功能區規劃；提出重大項目布局建議並協調實施。承擔自治區應對氣候變化領導小組辦公室的具體工作。
(8)農村經濟區劃
綜合分析自治區農業和農村經濟發展中的重大問題，研究提出自治區農村經濟發展的戰略和政策措施；組織制定農業、林業、水利、畜牧、農業機械、鄉鎮企業、氣象、漁業等中長期發展規劃和農村經濟專項、年度計劃；負責集中行業固定資產投資項目的審核、申報、審批、核準和備案，跟蹤分析農業和農村經濟發展形勢，提出政策建議；提出重大項目布局並協調實施；負責新疆優質棉花基地建設。
(9)能源司
研究提出自治區能源發展戰略、政策措施、重大產業布局和產業改革方案；擬訂自治區能源總體規劃、能源區域綜合規劃和年度計劃；組織編制和實施石油、天然氣、煤炭(含煤基燃料)、電力、新能源和可再生能源等專項規劃和年度計劃；負責能源基地和重大項目的組織、協調和管理，負責歸口行業固定資產投資項目的審核、上報、審批、核準和備案；監測和分析自治區能源行業運行狀況，協調解決能源發展中存在的問題；負責組織和管理自治區對外能源合作；承擔自治區能源協調管理辦公室的具體工作。
(10)交通部門
研究提出自治區綜合交通發展戰略、政策措施和交通行業改革規劃，組織編制綜合交通中長期發展規劃和年度計劃，審查並下達年度專項交通計劃；組織編制、審批鐵路、公路、民航、管道等專項規劃；協調各種運輸方式的重大項目布局；監測和分析自治區交通行業運行狀況，協調解決發展中存在的問題；負責歸口行業固定資產投資和城市交通項目的審核、上報、審批、核準和備案。
(11)行業協調辦公室
綜合分析自治區工業和服務業發展中的重大問題，研究提出自治區工業發展的戰略和政策措施，研究提出綜合性工業政策建議；協調工業和服務業發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃；會同有關部門提出行業中長期發展規劃和年度計劃；負責歸口行業固定資產投資項目的審核、上報、審批、核準和備案；協調重大技術裝備推廣應用和重大產業基地建設；擬訂服務業發展戰略和重大政策，協調服務業發展中的重大問題。
(12)高技術產業司
綜合分析自治區高新技術產業和產業技術發展趨勢，組織制定高新技術產業發展和產業技術進步的戰略、規劃和重大政策；做好相關高技術產業化工作，組織實施重大產業示範工程；協調信息化發展規劃與自治區國民經濟和社會發展規劃和計劃的銜接和平衡；組織和推動技術創新和產學研結合，培育形成自治區國民經濟中的新興產業；負責歸口行業固定資產投資項目的審核、上報、審批、核準和備案。
(13)資源節約和環境保護司
綜合分析自治區經濟、社會、資源、環境協調發展中的重大戰略問題；組織制定和實施自治區能源資源節約和綜合利用、循環經濟發展規劃，參與環境保護規劃的制定；負責能源和資源節約、循環經濟、環境保護、城市汙水和垃圾處理、相關領域汙染控制等行業集中領域固定資產投資項目的審核報告、審批、核準和備案；負責自治區固定資產投資項目節能評估機構的資質審查；協調環保產業和清潔生產；組織國家節能減排示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用；承擔自治區節能減排領導小組辦公室和自治區循環經濟領導小組辦公室的日常工作。
(十四)社會發展司
綜合提出社會發展戰略，研究提出自治區社會發展的政策措施，組織編制社會發展中長期規劃和年度計劃；負責專項規劃的審批、審核和上報；會同有關部門提出人口和計劃生育、文化、教育、衛生、體育、廣播影視、新聞出版、旅遊、民政等方面的發展政策；負責歸口行業固定資產投資項目的審核、上報、審批、核準和備案；會同有關部門安排社會事業專項資金；協調社會事業發展和改革的重大問題。
(十五)就業和收入分配司
綜合分析自治區就業和人力資源、收入分配和社會保障狀況，提出促進就業、調整收入分配、提高社會保障與經濟協調發展的政策建議；負責歸口行業固定資產投資項目的審核、上報、審批、核準和備案；推進相關制度改革，協調解決重大相關問題。
(十六)經貿廳(自治區糧管所)
監測和分析國內外市場發展情況，承擔自治區重要商品總量平衡和宏觀調控的有關工作；組織制定自治區重要農產品、工業品和原材料的進出口計劃並監督實施；研究提出自治區對外貿易發展的戰略和政策措施，組織制定經濟貿易、流通設施建設和現代物流業的中長期發展規劃和年度計劃；負責重要商品的總量平衡和宏觀調控，編制重要商品流通計劃和糧棉進出口計劃；制定重要商品的儲存、輪換和投放計劃，並進行指導和監督；負責糧食宏觀調控，會同有關部門研究制定自治區糧食流通政策；負責歸口行業固定資產投資項目的審核、上報、審批、核準和備案；負責重要商品流通體制改革，協調流通體制改革中的重大問題。
(十七)財政和金融事務部
研究分析自治區社會資金平衡情況；財政、稅收、金融、保險的跟蹤分析；分析財政政策和貨幣政策的執行情況，提出對策和建議；提出自治區資本市場發展戰略，參與直接融資的協調管理，牽頭推動自治區產業投資基金和創業投資的發展和制度建設；負責自治區發行地方企業債券和設立產業投資基金的審核、申報和監管。
(18)項目建設管理辦公室
研究提出自治區重點項目建設規劃和政策措施，組織協調重點項目建設；指導和協調自治區招標投標工作，參與制定自治區招標投標配套法規和綜合性政策，負責自治區評標專家庫的建立和管理，審批權限內建設工程招標方案，監督管理招標投標活動；負責權限內固定資產投資項目的初步設計、概算(含概算)和專項項目開工報告的審核、報送和審批；指導自治區項目建設竣工驗收，組織重大項目竣工驗收；會同有關部門審批、發布與宏觀管理投資項目相關的標準定額。
(19)以工代賑辦公室
研究提出自治區貧困地區相關發展戰略和規劃；參與研究制定自治區扶貧開發目標和政策措施；編制和上報以工代賑項目建設的長期和年度計劃；負責對以工代賑計劃的實施、資金的使用和竣工驗收進行監督檢查；審批以工代賑的重大扶貧開發項目。承擔自治區以工代賑領導小組辦公室的日常工作。
(20)收費管理處
負責自治區行政事業性收費管理工作，研究提出收費管理的法規、制度和措施；負責管理國家和自治區批準的行政事業性收費項目和標準；制定和調整自治區管理的行政事業性收費管理政策；負責制定和調整公用事業、部分公用事業、中介服務和部分經營服務價格；負責自治區《收費許可證》的印制和相應《收費許可證》的發放、調整、換證、發證等管理工作；負責清理整頓亂收費。
(二十壹)農產品和水價格。
負責自治區農產品和農業生產資料的價格管理和政策法規的制定；負責農業生產資料價格和實行市場調節的重要農產品價格的監管和價格信息發布，制定最低保護價或最高限價；制定重要農產品的價格和儲存費用；研究制定自治區水價管理的相關辦法，負責制定自治區水利工程供水價格和城鎮自來水價格、水資源費和汙水處理費；制定城市生活垃圾處理費標準。
(二十二)能源交通價格司
負責執行國家有關能源、交通和重要工業品價格管理的政策和價格調整計劃；研究提出自治區能源、交通和重要工業產品的價格管理政策及相關措施；管理自治區管理權限內的能源、交通、重要工業品價格和延伸服務收費、通信和郵政收費、增值服務收費；指導地方和國家政府授權的能源、重要工業品和交通運輸價格管理工作；監督實行市場調節價的重要工業品價格；協調行業價格管理。
(二十三)醫藥和服務價格司
負責自治區土地、建設系統(行政、服務)收費管理，參與標定地價和土地基準價格的審核和公布，研究制定自治區管理的房地產(含經濟適用房、物業服務、公有住房和廉租房)價格政策；協調處理房地產價格糾紛；負責熱力、旅遊等公用事業價格政策的管理和制定；負責制定醫療服務價格管理辦法，制定非營利性醫院醫療服務價格，對列入基本醫療保險藥品目錄的藥品、壟斷特殊藥品、民族藥和重要醫院制劑實行政府定價管理；負責藥品集中招標采購價格行為的規範管理；負責藥品市場價格監管。
(24)價格監督檢查局
根據國家和自治區有關法律、法規和政策，指導、協調和組織實施自治區物價檢查，依法查處國家機關制定的商品價格、服務價格和收費中的價格違法行為；組織對不正當價格行為的調查、認定和處理；受國家發展改革委委托，依法查處價格壟斷行為；指導和組織實施市場價格監管、價格公共服務、價格異常波動應急管理、價格社會監督等工作。；依法受理對價格和收費違法行為的舉報和投訴。
(二十五)價格成本監審局
根據國家和自治區有關法律、法規和政策，制定價格成本監審制度和自治區政府重要商品和服務的價格成本調查、核算、監審辦法，並組織實施；承擔國家和自治區安排的產品價格和服務價格及成本的調查、監審工作；對各市州的成本調查工作進行業務指導。
(二十六)法規司
組織制定委員會立法規劃和年度計劃；組織起草自治區有關地方性法規；調查研究有關法律、法規和規章的實施情況；負責本系統和本委員會的行政執法監督、行政復議、行政訴訟和普法工作。
(二十七)人事部
負責委屬單位幹部人事管理工作；承辦機關及下屬單位的機構編制、教育培訓、工資福利、出國(境)評審、專業技術職稱評審、醫療保險、人事檔案和計劃生育管理等工作；指導幹部培訓中心的工作。
自治區建設項目稽察特派員辦公室研究制定自治區建設項目稽察監督的法律、法規和相關政策；組織對中央和地方財政建設資金投資安排的執行情況進行監督檢查；組織實施自治區建設項目稽察；指導和協調自治區建設項目的檢查監督工作；對建設項目的政策環境進行檢查和項目後評估；跟蹤檢查國家和自治區投資政策法規在相關行業和地區的落實情況；提出改進投資管理和項目建設的意見和建議；配合國家發展改革委稽查辦開展相關稽查工作；對政府投資建設項目進行監管和監督。
自治區國民經濟動員辦公室研究國民經濟發展與國家安全的關系，提高國民經濟應對突發事件的能力，分析國防經濟宏觀運行情況，提出國防經濟重大問題的建議；根據國民經濟和社會發展戰略及中長期規劃，協調有關國防經濟問題，會同有關部門研究提出國民經濟動員計劃總體規劃和年度計劃，並監督檢查規劃、計劃和計劃的執行情況；組織以軍事需要為目的的國民經濟實力調查，提出戰時動員措施；組織軍民兩用技術的研究、推廣和應用；組織提出平戰結合經濟建設項目的建議，配合有關部門做好項目建設與國民經濟動員的結合和銜接。
自治區西部開發領導小組辦公室根據國家關於西部地區的發展戰略、發展規劃和政策措施，研究提出新疆的發展戰略、發展規劃和政策措施；研究提出新疆農村經濟發展、重點基礎設施建設、生態環境保護和建設、結構調整、資源開發和重點項目布局等方面的建議；研究提出新疆深化改革、擴大開放、引進國內外資金、技術和人才的政策建議；統籌經濟發展和科教文化全面發展，促進新疆國民經濟和社會事業持續快速健康發展；承擔自治區西部大開發領導小組辦公室的具體工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作和精神文明建設。
監察室(與紀檢組合署辦公)是自治區紀委(監察廳)的派駐機構，負責機關和直屬單位的紀檢監察和行政監察工作。
離退休幹部辦公室負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。