壹、要弄清楚稅收政策內涵
(壹)增值稅
根據財稅[2008]81號文件規定，對農民專業合作社要弄清楚以下幾項稅收政策：
1、對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅。這裏有壹個條件，農業產品必須是"本社成員生產的"，否則就不能享受免征增值稅優惠。
2、增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。這裏明確購進的是農民專業合作社的"免稅農業產品"，其他農業產品或商品則必須按照現行政策規定計算抵扣。因此，對農民專業合作社銷售給增值稅壹般納稅人的其他農業產品則要考慮稅收問題。
3、對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。這裏規定的是"向本社成員"銷售上述六種商品，才可以享受免征增值稅，否則不能享受免征優惠。因此，在實際經營中既要把握好銷售對象又要把握好規定的商品品目。
4、視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅政策依據。《中華人民***和國增值稅暫行條例》(以下簡稱《增值稅暫行條例》)第十六條規定，農業生產者銷售的自產農業產品免征增值稅。財政部國家稅務總局《關於印發〈農業產品征稅範圍註釋〉的通知》(財稅[1995]52號)對"自產農業產品"做了規定：《增值稅暫行條例》第十六條所列免稅項目的第壹項所稱的"農業生產者銷售的自產農業產品"，是指直接從事植物的種植、收割和動物的飼養、捕撈的單位和個人銷售的註釋所列的自產農業產品。對農民專業合作社銷售的外購的農業產品，以及外購農業產品生產、加工後銷售的仍然屬於註釋所列的農業產品，不屬於免稅的範圍，應當按照規定稅率征收增值稅。
(二)營業稅
1、《中華人民***和國營業稅暫行條例》第六條規定，農業機耕、排灌、病蟲害防治、植保、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、水生動物的配種和疾病防治項目免征營業稅。
2、國家稅務總局《關於林木銷售和管護征收流轉稅問題的通知》(國稅函[2008]212號)規定，納稅人單獨提供林木管護勞務行為的收入中，屬於提供農業機耕、排灌、病蟲害防治、植保勞務取得的收入，免征營業稅。
3、財政部、國家稅務總局《關於對若幹項目免征營業稅的通知》(財稅字[1994]2號)規定，將土地使用權轉讓給農業生產者用於農業生產，免征營業稅。
《農民專業合作社法》第五十二條規定：農民專業合作社享受國家規定的對農業生產、加工、流通、服務和其他涉農經濟活動相應的稅收優惠。換言之，對農民專業合作社從事上述勞務取得的收入，免征營業稅。
(三)企業所得稅
《中華人民***和國企業所得稅法》(以下簡稱《企業所得稅法》)第二十七條規定，從事農、林、牧、漁業項目的所得可以免征、減征企業所得稅。企業所得稅法實施條例則進壹步明確了減免企業所得稅的項目，包括：
1.企業從事蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植，農作物新品種的選育，中藥材的種植，林木的培育和種植，牲畜、家禽的飼養，林產品的采集，灌溉、農產品初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目，遠洋捕撈項目的所得，免征企業所得稅。
2.企業從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植，海水養殖、內陸養殖項目的所得，減半征收企業所得稅。
按照《農民專業合作社法》的規定，農民專業合作社是在農村家庭承包經營基礎上，同類農產品的生產經營者或者同類農業生產經營服務的提供者、利用者，自願聯合、民主管理的互助性經濟組織。農民專業合作社依法登記，即可取得法人資格。設立農民專業合作社，應當向工商行政管理部門提交相關文件，申請設立登記，並取得營業執照。《企業所得稅法》第壹條就明確：在中華人民***和國境內，企業和其他取得收入的組織為企業所得稅的納稅人，依照本法的規定繳納企業所得稅。新企業所得稅法不同於原稅法的壹個最顯著特點就在於實行法人所得稅制度，毫無疑問，農民專業合作社是企業所得稅納稅人，應當按照規定繳納企業所得稅。但根據《農民專業合作社法》第五十二條的規定，農民專業合作社享受國家規定的對農業生產、加工、流通、服務和其他涉農經濟活動相應的稅收優惠。因此，對上述的免征、減征企業所得稅政策農民專業合作社可以享受稅收優惠。
(四)其他相關稅收
按照前述稅收政策，農民專業合作社可以享受的涉農經濟活動的稅收優惠還有：
1、城鎮土地使用稅。《中華人民***和國城鎮土地使用稅暫行條例》(以下簡稱《城鎮土地使用稅暫行條例》)第六條規定，直接用於農、林、牧、漁業生產用地，免征城鎮土地使用稅。財政部、國家稅務總局《關於房產稅、城鎮土地使用稅有關政策的通知》(財稅[2006]186號)中"關於經營采摘、觀光農業的單位和個人征免城鎮土地使用稅問題"明確：在城鎮土地使用稅征收範圍內經營采摘、觀光農業的單位和個人，其直接用於采摘、觀光的種植、養殖、飼養的土地，根據《城鎮土地使用稅暫行條例》第六條中"直接用於農、林、牧、漁業的生產用地"的規定，免征城鎮土地使用稅。把握的關鍵就在於土地必須是"直接用於農、林、牧、漁業生產"，而非他用，不符合這個用途規定的則要繳納城鎮土地使用稅。
2、房產稅。國家稅務總局《關於調整房產稅和土地使用稅具體征稅範圍解釋規定的通知》(國稅發[1999]44號)鑒於經濟發展及城鎮建設已發生很大變化，規定"對農林牧漁業用地和農民居住用房屋及土地，不征收房產稅和土地使用稅。"這裏同樣強調的是"對農林牧漁業用地".
3、印花稅。財稅[2008]81號文件規定，對農民專業合作社與本社成員簽訂的農業產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。這裏需要區分的是社內、社外及農業產品、非農業產品和農業生產資料、非農業生產資料等，符合條件的免稅，不符合條件的征稅。
4、耕地占用稅。《中華人民***和國耕地占用稅暫行條例》第十四條第二款規定：建設直接為農業生產服務的生產設施占用前款"占用林地、牧草地、農田水利用地、養殖水面以及漁業水域灘塗等其他農用地建房或者從事非農業建設的"規定的農用地的，不征收耕地占用稅。《中華人民***和國耕地占用稅暫行條例實施細則》進壹步明確了條例第十四條所稱直接為農業生產服務的生產設施，是指直接為農業生產服務而建設的建築物和構築物。具體包括：儲存農用機具和種子、苗木、木材等農業產品的倉儲設施;培育、生產種子、種苗的設施;畜禽養殖設施;木材集材道、運材道;農業科研、試驗、示範基地;野生動植物保護、護林、森林病蟲害防治、森林防火、木材檢疫的設施;專為農業生產服務的灌溉排水、供水、供電、供熱、供氣、通訊基礎設施;農業生產者從事農業生產必需的食宿和管理設施;其他直接為農業生產服務的生產設施。因此，對農民專業合作社占用農用地從事上述生產設施建設的，不征耕地占用稅，否則則應照章征收。
5、車船稅。《中華人民***和國車船稅暫行條例》第三條規定，非機動車船(不包括非機動駁船)、拖拉機、捕撈(養殖)漁船免征車船稅。
6、車輛購置稅。財政部、國家稅務總局《關於農用三輪車免征車輛購置稅的通知》(財稅[2004]66號)規定，對農用三輪車免征車輛購置稅。農用三輪車是指：柴油發動機，功率不大於7.4kw，載重量不大於500kg，最高車速不大於40km/h的三個車輪的機動車。
7、契稅。《中華人民***和國契稅暫行條例實施細則》規定，納稅人承受荒山、荒溝、荒丘、荒灘土地使用權，用於農、林、牧、漁業生產的，免征契稅。