辦公室
處理局機關日常政務；起草和審核有關文件和報告；協調機關內、外部工作關系，制定系統年度工作計劃和機關工作制度；負責會議組織、文秘、檔案、信訪、保密、信息、宣傳和行政事務的管理工作；負責系統基礎設施建設、裝備和固定資產管理等工作。
政策法規科
負責組織稅收法規、規章以及重要稅收政策的調研，承辦重大稅收案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟、行政復議和行政賠償工作；負責地方稅務系統普法教育和規範性文件審查備案工作，承辦地方稅務公告事宜。
稅政壹科
負責營業稅、資源稅、城市維護建設稅、城鎮土地使用稅、房產稅、車船使用稅、印花稅、土地增值稅、教育費附加的管理工作，監督檢查有關稅收政策執行情況；參與有關稅收計劃的編制，督促、檢查和考核計劃落實情況；開展有關稅源普查和監測；參與有關偷逃抗欠稅案件的處理。
稅政二科
負責企業所得稅、個人所得稅政策管理工作，監督、檢查有關稅收政策的執行。參與有關稅收計劃的編制，督促、檢查和考核計劃落實情況；開展有關稅源普查和監測；參與有關偷逃抗欠稅案件的處理。
國際稅務管理科
負責稅收協定執行、反避稅、情報交換、國際稅務事項管理及現行涉外稅收政策實施等工作。
基金（費）征收科
負責社會保險費、水利建設基金、文化事業建設費、地方教育附加費等基金（費）的征收管理工作；研究擬定各項基金（費）征收管理的具體辦法並組織落實；開展基金（費）政策有關調研工作。
征收管理科
貫徹實施稅收征管法；研究擬定綜合性稅收、個體稅收征管的制度和辦法；負責地方稅收征管改革的組織實施工作；負責稅務登記、納稅申報、普通發票和稅收征管資料的管理工作；負責地方稅收執法保障體系建設。
計劃財務科
負責編制地方稅收入計劃，分析收入計劃執行情況並檢查、督促和落實；負責稅收票證和基金（費）票證的管理；負責地方稅源的統計和調查研究工作；貫徹執行會計和財務制度，實施稅收會計核算和會計監督；負責各項經費的管理；負責機關財務管理工作。
人事教育科
負責本系統機構編制和人事管理工作；承辦所轄地方稅務局（分局）正副局長及相當級別幹部管理的有關工作；負責教育培訓、思想政治工作和精神文明建設；負責離（退）休職工的管理工作。
監察室（財務監督科）
負責黨風廉政建設工作；受理對單位和個人違法亂紀行為的人民來信以及違紀單位和個人對所受處理、處分不服的申訴；按照管理權限，調查和處理違法違紀案件；監督檢查本系統年度財務收支、經費預算執行情況；負責幹部的離任審計工作；監督檢查審計決定執行情況及其他審計事項。
機關黨委辦公室負責局機關和直屬單位的黨、團組織和工、青、婦工作。