張掖地稅部門要求妳在當地繳納項目發票上的應納稅款是不正確的。
中華人民共和國營業稅暫行條例中華人民共和國國務院令第540號
營業稅繳納地點:
(壹)納稅人提供應稅服務，應當向其機構所在地或者居住地的主管稅務機關申報納稅。但是，納稅人提供的建築勞務和國務院財政、稅務主管部門規定的其他應稅勞務，應當向應稅勞務發生地主管稅務機關申報繳納。
妳公司沒有代扣代繳稅款的義務。
參考預扣稅條款:
第十壹條營業稅扣繳義務人:
(壹)境外的中國人、單位或者個人在境內提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產，在境內沒有經營機構的，以其境內代理人為扣繳義務人；在中國沒有代理人的，以受讓方或者買方為扣繳義務人。
(二)國務院財政、稅務主管部門規定的其他扣繳義務人。
張掖地稅應向裝修公司追繳。
他們向妳公司追償幾筆款項的政策依據可能是《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於建築業營業稅若幹政策問題的通知》(財稅[2006]177號)。
納稅人提供建築業應稅服務，應當按照下列規定確定營業稅的扣繳義務人:
(壹)建築工程實行承包或者分包的，以總承包人為扣繳義務人。
(二)納稅人提供建築業應稅服務，有下列情形之壹的，無論工程是否分包，稅務機關均可以施工單位和個人為營業稅的扣繳義務人:
1.納稅人從事跨地區(含省、市、縣，下同)建築業項目提供應稅服務；
2.納稅人未在勞務發生地辦理稅務登記或臨時稅務登記的。
財政部國家稅務總局關於發布部分廢止和失效營業稅規範性文件的通知
財稅[2009]61號此文件已全部廢止或失效！
因為妳取得的發票不符合規定，企業所得稅和發票管理存在壹定風險。不如跟裝修公司和稅務部門協商，要求裝修公司更換正確的發票。如有必要，請稅務機關出面，要求其更換。
至於以後和包工頭簽合同，要不要把納稅地點說清楚？這是不必要的。妳是否清楚這個問題並不重要。如果妳明確的內容違反了稅收法律法規，那麽妳寫進合同的任何內容都是無效的。項目建設單位提供地稅部門開具的發票，這是應該的，就像妳不需要在合同裏寫對方不能付給妳假幣壹樣，道理是壹樣的。