《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）規定：
第壹條 開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。
第四條第五款：屬於多個房地產項目***同的成本費用，應按清算項目可售建築面積占多個項目可售總建築面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。
因此，根據上述政策規定，土地增值稅清算時，普通住宅、非普通住宅、地下室和商鋪的建築安裝工程費按可售建築面積比例或稅務機關確定的其他合理方法分攤。
擴展資料：
與其他稅種相比，土地增值稅具有以下個特點：
（1）以轉讓房地產的增值額為計稅依據。
土地增值稅的增值額是以征稅對象的全部銷售收入額扣除與其相關的成本、費用、稅金及其他項目金額後的余額，與增值稅的增值額有所不同。
（2）征稅面比較廣。
凡在我國境內轉讓房地產並取得收入的單位和個人，除稅法規定免稅的外，均應依照土地增值稅條例規定繳納土地增值稅。換言之，凡發生應稅行為的單位和個人，不論其經濟性質，也不分內、外資企業或中、外籍人員，無論專營或兼營房地產業務，均有繳納增值稅的義務。
（3）實行超率累進稅率。
土地增值稅的稅率是以轉讓房地產增值率的高低為依據來確認，按照累進原則設計，實行分級計稅，增值率高的，稅率高，多納稅；增值率低的，稅率低，少納稅。
（4）實行按次征收。
土地增值稅在房地產發生轉讓的環節，實行按次征收，每發生壹次轉讓行為，就應根據每次取得的增值額征壹次稅。
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