首先，當員工離職時，公司應立即在個稅系統中進行員工離職操作，將離職員工的信息進行標記或刪除，確保不再為該員工計算或申報個人所得稅。
其次，公司需要核對離職員工的稅務數據，包括已申報的個稅金額、未申報的收入等，確保數據的準確性和完整性。這有助於避免稅務處理中的遺漏或錯誤，並為公司提供準確的稅務數據支持。
此外，公司還需要關註離職員工的稅務結算問題。根據稅法規定，離職員工在離職後可能仍有未結清的稅務事項，如年終獎、福利等。公司需要按照稅法規定的時間節點，為離職員工辦理稅務結算手續，確保稅務處理的合規性。
在個稅系統處理過程中，公司還需註意保護員工的個人隱私和信息安全。離職員工的個人信息應得到妥善保管，不得隨意泄露或濫用。
綜上所述：
員工離職後，公司需要在個稅系統中進行離職操作，核對稅務數據，處理稅務結算問題，並保護員工的個人信息和隱私。這些措施有助於確保個稅處理的準確性和合規性，維護公司的聲譽和利益。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第八條規定：
個人所得稅，以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。個人所得超過國務院規定數額的，在兩處以上取得工資、薪金所得或者沒有扣繳義務人的，以及具有國務院規定的其他情形的，納稅義務人應當按照國家規定辦理納稅申報。扣繳義務人應當按照國家規定辦理全員全額扣繳申報。
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第三十二條規定：
納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。