出口企業以“進料加工”方式將進口的原材料、零部件以減稅方式轉售給其他企業加工時，應先填寫“進料加工報關單”，然後將此報關單提交主管出口退稅的稅務機關審核簽字，並據此在開具增值稅專用發票時，按規定稅率計算並註明所售物料的稅額。負責征收出口企業稅款的稅務機關對該部分銷售物資的銷售發票上註明的應納稅額不予征收，負責退稅的稅務機關在出口企業辦理出口退稅時從退稅額中予以扣除。進口加工復出口貨物的退稅額按以下公式計算:
出口退稅=出口貨物退稅-進口料件銷售應納稅額。
進口料件銷售應納稅額=進口料件銷售額×稅率-海關對進口料件實際征收的增值稅。
另外，要註意壹個問題，外商投資企業以來料加工或進料加工方式加工貨物，銷售給非外商投資企業出口的，不執行上述辦法，按增值稅、消費稅征收規定征收增值稅、消費稅，出口後按出口退稅有關規定辦理退稅。