保稅區具有進出口加工、國際貿易、保稅倉儲商品展示等功能，享有“免證、免稅、保稅”政策,實行“境內關外”運作方式，是中國對外開放程度最高、運作機制最便捷、政策最優惠的經濟區域之壹。
1990年6月，經中央批準，在上海創辦了中國第壹保稅區——上海外高橋保稅區。1992年以來，國務院又陸續批準設立了14個保稅區和壹個享有保稅區優惠政策的經濟開發區，即天津港、大連、張家港、深圳沙頭角、深圳福田、福州、海口、廈門象嶼、廣州、青島、寧波、汕頭、深圳鹽田港、珠海保稅區以及海南洋浦經濟開發區。目前全國15個保稅區隔離設施已全部經海關總署驗收合格，正式投入運營。
1992年，在鄧小平同誌南巡講話發表之後，各保稅區紛紛加快了實質性啟動，基本建設進展迅速，初步形成了招商引資的軟硬環境，海內外客商投資踴躍，大多數保稅區首期開發區域的土地已批租或出讓完畢，並在進壹步開發二期工程，吸引外資工作也出現了可喜的局面。
經過多年的探索和實踐，全國各個地區的保稅區已經根據保稅區的特殊功能和依據地方的實際情況，逐步發展成為當地經濟的重要組成部分，目前集中開發形成的功能有保稅物流和出口加工。
隨著中國加入WTO，全國保稅區逐步形成區域性格局，南有以廣州、深圳為主的珠江三角洲區域，中有以上海、寧波為主的長江三角洲區域，北有以天津、大連、青島為主的渤海灣區域，三個區域的保稅區成為中國與世界進行交流的重要口岸，並形成獨特的物流運作模式。
海關法釋義本法下列用語的含義：“保稅貨物”，是指經海關批準未辦理納稅手續進境，在境內儲存、加工、裝配後復運出境的貨物。保稅倉庫和保稅貨物進出境報關 壹、申報。保稅貨物在保稅倉庫所在地入境時，貨主或其代理人持下列單證向海關申報：（1）《進口貨物報關單》壹式三份。報關單上須加蓋“保稅貨物”印章並註明貨物存入某地保稅倉庫；（2）經主管海關核發的《保稅倉庫登記證書》。辦理《保稅倉庫登記證書》的手續為：申請建立保稅倉庫的單位經理人，持國家工商行政管理部門核發的營業執照、填寫的《保稅倉庫申請書》及省以上對外經貿行政管理部門批準經營有關業務的批件，向主管海關申報，經海關審核並派員實地調查，認為符合條件後，批準建立保稅倉庫並頒發登記證書；（3）如進口貨物列入國家商檢機構實施檢驗出口商品種類表的，須提交商檢證書。 保稅貨物如需復運出境報關時，應向海關遞交下列單證：（1）《出口貨物報關單》壹式三份；（2）原進口時由海關蓋印的《進口貨物報關單》。 二、海關查驗放行。上述單證經入、出境地海關查驗無誤後予以放行，其中，入境時，由海關在《進口貨物報關單》上簽章，將二份《進口貨物報關單》隨進口貨物帶交保稅倉庫。保稅倉庫經理人於貨物入庫後，在上述報關單上簽收，壹份留存，壹份交回海關存查。貨主在保稅倉庫所在地以外的其他口岸進口貨物，應按海關對轉關運輸貨物規定，辦理轉關運輸手續，貨物運抵後，再按上述辦法辦理入庫手續。〖說明〗（1）貨主在保稅倉庫所在地以外的其他口岸進口貨物，須按海關對轉關運輸貨物的規定辦理轉關運輸手續。即由申請人填制由海關統壹印制的《轉關運輸貨物準單》，壹式三份，加屬國際鐵路聯運貨物，應為貨車裝載清單，也是壹式三份，向入境地海關申報並交驗有關貨運單證。海關核準並簽收關封後將加蓋“海關監管貨物”戳記並加註關封編號的《海關運輸貨物準單》，連同關封壹起交承運人，隨同貨物帶交指運地海關，並按壹般貨物的海關手續填制《進口貨物報關單》，並隨附其他有關單證向海關辦理進口報關。（2）保稅貨物經批準正式銷售於國內市場時，貨主或其代理人須向海關補辦進口報關手續並交納關稅和工商統壹稅，由海關簽印放行。（3）對從保稅倉庫中提取來料加工、進料加工備料、貨物，貨主須事先持批準文件、合同等有關單證向海關辦理登記備案手續，並填寫來料加工或進料加工專用報關單和《保稅倉庫領料核準單》各壹式三份，壹份由海關留存，壹份由領料人留存，壹份由海關簽蓋放行章後交還貨主。倉庫經理人憑海關簽印的領料核準單交付有關貨物，並憑領料核準單向海關辦理核銷手續。（4）保稅貨物復運出境時，發貨人或其代理人持《出口貨物報關單》壹式三份、保稅貨物進口時由海關簽印的《進口貨物報關單》，向當地海關辦理復運出境手續。經海關核查與實貨相符後簽印，壹份由海關留存，壹份發還給申報人，壹份隨貨帶交出境地海關，憑以放行貨物出境。