1.《會計法》對代理記賬宣傳不夠，會造成很多小型經濟組織，尤其是廣大個體工商戶對代理記賬認識不足。
2.“代理記賬”的措施不是很有效。目前，小型經濟組織和個體工商戶委托代理記賬主要存在兩個問題。第壹，應該記賬而不記賬的現象非常普遍。二是很多“委托記賬代理人”不具備合法資質。這不僅幹擾了法律的嚴肅性，還容易引發很多其他問題。
3.在代理記賬法律關系中，應該說受托人的法律地位還沒有完全解決，所以實踐中爭議很大。
4.代理記賬機構的潛力沒有得到充分發揮。代理記賬機構數量不斷增加，但總體規模普遍較小，代理業務範圍不廣。真正能提供會計核算、稅務籌劃、納稅申報、內部審計、工商稅務登記年檢、財務咨詢等全方位會計服務的機構少之又少。
5.代理記賬機構設置不規範。代理記賬機構必須有3名以上持有會計從業資格證書的專職從業人員，代理記賬業務負責人必須具有會計師以上專業技術職稱資格。然而，在實踐中，相當多的代理記賬機構並不符合這壹要求。
6.因為記賬機構內部管理混亂。在實踐中，代理記賬操作不規範、內部管理制度不健全的情況也很普遍，壹些代理記賬機構的內部管理制度即使制定了也沒有用。
7.代理記賬機構的執業質量不容樂觀。會計核算等方面還存在很多不規範的地方，有些不是以權責發生制為基礎，所代表的公司未按《公司法》規定計提法定公積金和法定公益金的情況也比較普遍。代理人編制的年度財務會計報告只有基礎會計報表，沒有按照制度要求提供會計報表附註的內容。
8.代理記賬業務收費標準混亂。在收費標準上，各家代理記賬機構的水平差異較大。有的記賬機構甚至通過低價搞不正當競爭，有的記賬機構業務收入核算不規範，甚至隱瞞收入的現象比較普遍。