雙擊安裝包程序，點擊立即安裝，即可安裝扣繳客戶端到本地電腦，也可選擇自定義安裝目錄進行安裝。
註意事項：若已在電腦中安裝過扣繳客戶端，雙擊安裝包將提示“修復”或“卸載”。
1.1. 系統初始化
系統安裝完成後，需要進行系統初始化註冊。初始化註冊的過程，即通過納稅人識別號從稅務機關系統獲取最新的企業信息，保存到本地扣繳客戶端的過程。
點擊安裝完成界面上的立即體驗（或點擊桌面“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”快捷方式），進入版本選擇界面，其中2018年原稅制申報是老的申報表模式，適用於所屬期為2018年12月及以前月份申報；2019年新稅制申報是新的申報表模式，適用於所屬期為2019年1月及以後的申報。選擇對應版本模式後進入系統註冊環節。
註冊第壹步：錄入單位信息
在[納稅人識別號]/[確認納稅人識別號]的位置輸入扣繳單位的納稅人識別號，已進行過三證合壹的單位則輸入統壹社會信用代碼，點擊下壹步，即可完成註冊的第壹步。
註意事項：
1．[納稅人識別號]和[確認納稅人識別號]必須壹致；
2．註冊時必須確保電腦處於聯網狀態。
註冊第二步：獲取辦稅信息
系統自動從稅務機關端口獲取最新的當地年平均工資、月平均工資以及月公積金減除上限等辦稅基礎信息。
註冊第三步：備案辦稅人員信息
辦稅人員如實填寫姓名、手機號、崗位等信息。
註冊第四步：設置登錄密碼
為了保障本系統的使用安全，建議“啟用登錄密碼”，並牢記登錄密碼。
註意事項：
1．登錄密碼的長度必須是8-20位；
2．登錄密碼至少是數字、英文字母、符號三種中的兩種組合；
3．若忘記密碼，在登錄界面可通過點擊忘記密碼重置登錄密碼；
4．進入系統後，點擊系統設置→系統管理→登錄密碼設置可修改登錄密碼。
註冊第五步：設置數據自動備份
扣繳客戶端的數據是保存在本地電腦的，為防止重裝操作系統或因操作系統損壞而造成數據丟失，建議啟用自動備份功能。
註意事項：
1．勾選“啟動自動備份”，每次退出系統時，都會自動備份數據；
2．勾選“自動備份前提醒”，每次退出系統時，都會彈出備份提示；
3．可以自行設置備份路徑，建議不要放在電腦系統盤（壹般是C盤）；
4．可以根據電腦硬盤大小，選擇保留備份數據的份數。當系統中自動備份的數據份數到達設定份數時，會自動刪除早期的備份數據。建議把需要永久保存的數據，轉移到電腦其他位置；
5．進入系統後，可點擊系統設置→系統管理→備份恢復→自動備份修改數據自動備份的相關設置。
1.2. 系統首頁簡介
稅款所屬月份：默認為系統當前時間的上月。例如：當前時間為2019年2月1日，則[稅款所屬月份]為2019年1月。可點擊下拉鍵，切換[稅款所屬月份]。
左邊菜單樹：通過點擊功能菜單打開對應功能模塊。
常用功能區：系統常用功能統壹放在該處，點擊快捷按鈕進入功能頁面。
待處理事項區：顯示消息類型為冒用行為檢舉且狀態是未處理的消息。
1.3. 系統流程簡介
扣繳客戶端用於扣繳義務人為在本單位取得所得的人員（含雇員和非雇員）辦理全員全額扣繳申報及代理經營所得納稅申報。
扣繳申報的主體流程是：
代理經營所得申報主體流程是：
人員信息采集：根據《個人所得稅基礎信息表（A表）》的要求采集相關信息，系統采用先報送人員信息再填寫報表的方式。
報送及獲取反饋：將人員信息報送後，稅務局系統對人員身份信息進行驗證並反饋驗證結果。
報表填寫：扣繳申報包括《綜合所得預扣預繳申報》、《分類所得代扣代繳申報》、《非居民代扣代繳申報》、《限售股轉讓所得扣繳申報》四類申報表；代理經營所得申報包括《預繳納稅申報》（個人所得稅經營所得納稅申報表（A表））、《年度匯算清繳》（個人所得稅經營所得納稅申報表（B表））。
申報表報送：通過網絡方式將填寫完整的申報表發送至稅務機關並獲取申報反饋結果。
稅款繳納：申報成功後通過網上繳款或其他方式繳納稅款。
2. 辦稅管理
2.1. 本地登錄
初始化註冊完成後，點擊立即體驗，即可打開客戶端的登錄界面。
使用註冊第四步自行設置的登錄密碼進行本地密碼登錄。
註意事項：
1．扣繳義務人使用本系統前，若未在自然人稅收管理平臺註冊過，可使用立即註冊進行註冊；若密碼忘記了，可通過忘記密碼重置；
2．若在註冊第四步未設置登錄密碼，則運行程序時不會彈出登錄界面，直接進入系統；
若本地登錄密碼忘記了，可點擊登錄界面下方的忘記登錄密碼？進入重置登錄密碼界面，根據步驟輸入信息，驗證通過後即可重置登錄密碼