首先，企業需要收集整理相關抵扣憑證，主要包括購買商品或接受勞務時取得的增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、農產品采購發票或銷售發票等扣稅憑證。這些憑證是後續扣款操作的重要依據。
其次，企業需要在規定的申報期內，按照稅收征管法及其實施細則和增值稅的有關規定，向主管稅務機關申報納稅，提交抵扣憑證。在申報過程中，企業需要準確計算應納稅額和可抵扣稅額，並填寫相關申報表。
主管稅務機關受理企業申報後，對企業申報材料進行審核。審核的內容包括抵扣憑證的真實性、合法性和抵扣稅款的準確性。如獲批準，稅務機關將確認企業的稅收扣除額，並從企業應納稅額中扣除。
企業在扣除過程中如有疑問或爭議，可向主管稅務機關進行查詢或申訴。稅務機關將根據有關法規和政策對企業的查詢或投訴進行回復和處理。
需要註意的是，企業在進行增值稅抵扣操作時，應嚴格遵守相關法律法規和稅收政策。不得偽造、變造抵扣憑證，不得虛報、瞞報抵扣稅款。否則將承擔相應的法律責任。
總而言之:
增值稅抵扣的操作流程包括抵扣憑證的領取、納稅申報和抵扣憑證的提交、稅務機關對抵扣稅款的審核確認。企業在操作過程中應嚴格遵守相關法律和政策，確保扣款操作的合法性和準確性。
法律依據:
中華人民共和國增值稅法
第8條規定:
納稅人購買貨物、勞務、服務、無形資產和不動產所支付或承擔的增值稅為進項稅。
下列進項稅允許從銷項稅中扣除:
(1)從賣方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅。
(2)從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅。
(三)購買農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品收購價格和9%的扣除率計算進項稅額。
進項稅計算公式:進項稅=進價×扣除率。
(四)國務院規定的其他情形。
中華人民共和國稅收征收管理法
第25條規定:
納稅人必須按照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限和內容如實辦理納稅申報，並根據實際需要報送納稅申報表、財務會計報表和稅務機關要求的其他納稅資料。