壹級稽核的工作內容和步驟：
(壹)監控納稅人的申報情況。對超過納稅申報期限未辦理納稅申報者，在本納稅申報期結束後5日內，向其發出催報通知。對連續兩個月逾期未申報的，列印《未申報納稅人清單》送交檢查。
(二)審核納稅人的申報數據。依據納稅申報表內各指標之間的邏輯關系，對所申報的應納稅額進行邏輯審核。對申報有誤的，應及時向納稅人申報有誤的，應及時向納稅人發出《申報錯誤更正通知》。
(三)按季計算分析納稅人銷售額變動率和稅負率，計算公式如下：
1.銷售額變動率＝(本年累計應稅銷售額－上年同期應稅銷售額)／上年同期應稅銷售額×100%
2.稅負率＝本年累計應納稅額／本年累計應稅銷售額×100%
將銷售額變動率和稅負率與相應的正常峰值進行比較，對存在下列問題的納稅人，列印《納稅申報異常納稅人清單》送交二級稽核。
1.銷售額變動率高於正常峰值，稅負率低於正常峰值的
2.銷售額變動率低於正常峰值，稅負率低於正常峰值的；
3.銷售額變動率及稅負率均高於正常峰值的。
前款所稱正常峰值，是指納稅人在壹定時期內實現的銷售額和稅負正常變化的上限或下限。即：銷售額變動率正常峰值，為納稅人在正常經營的前提下，銷售額與上年同期比較，銷售額變動率(±)所能達到的最大值；稅負率正常峰值，為納稅人在正常履行納稅義務的前提下，由於受市場、季節等因素的影響而使稅負率變化所能達到的最小值或最大值。正常峰值由地市級以上稅務機關根據本地區不同行業的具體情況分別確定。
二級稽核的工作內容和步驟：
(壹)審核增值稅納稅申報表、發票領用存月報表、相關發票存根聯、抵扣聯、發票領用存原始記錄等資料之間的數據是否相符。
(二)對防偽稅控系統開具的增值稅專用發票抵扣聯按規定進行認證。
(三)運用全國丟失、被盜增值稅專用發票查詢系統對其抵扣聯進行抽查驗證。
(四)根據納稅人報送的增值稅納稅申報表、資產負債表、損益表和其他有關納稅資料，做好案頭分析工作，對納稅人形成異常申報的原因作出初步判斷。
1.毛益率分析。根據損益表計算銷售毛益率，計算公式為：
銷售毛益率＝(銷售收入－銷售成本)÷銷售收入×100%
若本期銷售毛益率較以前各期或上年同期有較大幅度下降，可能存在購進貨物(包括應稅勞務，下同)入帳，銷售貨物結轉銷售成本而不計或少計銷售額的問題。
2.存貨、負債、進項稅額綜合分析。適用於商品流通企業。分析時，先計算本期進項稅額控制數，計算公式為：
本期進項稅額控制數＝[ 期末存貨較期初增加額(減少額用負數表示)＋本期銷售成本＋期末應付帳款較期初減少數(增加額用負數表示)] ×主要外購貨物的增值稅稅率＋本期運費支出數×10%
以進項稅額控制數與增值稅申報表中的本期進項稅額核對，若前者明顯小於後者，則可能存在虛抵進項稅額和未付款的購進貨物提前申報抵扣進項稅額的問題。
3.銷售額分析。將損益表中的當期銷售成本加上按成本毛利率計算出的毛益額後，與損益表、增值稅申報表中的本期銷售額進行對比，若表中數額小，且差距較大，則可能存在銷售額不入帳、掛帳或瞞報等問題。成本毛利率計算公式如下：
成本毛利率＝本年累計毛利額／本年累計銷售成本×100%第五條 將稽核發現的問題和疑點，分別不同情況作如下處理：
(壹)對納稅人申報異常提出質詢，並逐壹記錄質詢情況，質詢記錄內容包括：納稅人名稱、納稅人識別號、申報異常所屬時期、銷售額變動率及稅負率、答復人姓名以及答復情況等。
(二)對申報異常且無正當理由的納稅人應填寫《增值稅待查對象通知》，送交檢查；申報異常現象特別嚴重或有較大偷騙稅嫌疑的，填寫《增值稅待查對象特急通知》送交專案檢查。
(三)質詢記錄、待查對象通知和檢查情況所報資料要隨時復核，定期統計並報主管領導審閱。