當月認證後作廢的增值稅專用發票，次月在中國國家稅務總局增值稅稽核系統中比對為“作廢發票”，通過增值稅抵扣憑證稽核系統發放到中國國家稅務總局各地、市、州稅務局，由納稅人主管稅務機關通知發票領用人轉出進項稅額。
買方需要支付無效發票的稅額，但不能抵扣銷項稅，因此損失只能向對方索賠。另壹方將面臨罰款。
1.買家已經認證發票，信息已經上傳，不能刪除。但是對方已經作廢了發票，審核系統會不壹致。國家稅務總局壹定會通過增值稅抵扣憑證稽核檢查管理系統向買方主管稅務機關發出核查信息，要求核查原因。
第二，買方已將發票從進項稅中扣除。
收到系統發出的異常比對調查信息後，如果買方已將發票申報為抵扣，按照規定，主管稅務機關應通過增值稅抵扣憑證審核檢查管理系統將調查信息發送給賣方主管稅務機關。
賣方主管稅務機關到賣方企業核實發票作廢原因和復印納稅申報表情況，並通過系統向買方主管稅務機關發送回復。買方主管稅務機關應根據批復依法處理:
(1)如果賣方誤作廢且已如實申報稅款，買方可以申報發票抵扣進項稅，無需轉出進項重新開發票。
(2)如果賣方“誤作廢，未如實申報納稅”，主管稅務機關會要求買方轉出進項，買方可以在進項轉出後要求對方重新開具發票。
(3)如果真的是需要正常作廢的發票，采購員必須轉出輸入。
三、買方未抵扣發票進項稅的處理
如果買方在鑒定發票後，明知對方將作廢發票，但自願不申報發票抵扣進項稅額(填寫申報表附表2第24-26行)，買方主管稅務機關在核實清楚後，無需向開票人主管稅務機關出具協查。
四、因此,“增值稅抵扣憑證稽核檢查管理系統”協查信息即將下發。妳只要耐心等待，配合主管稅務機關就可以了。