根據新征管法第二十二條的規定，增值稅專用發票由國務院主管稅務機關指定的企業印制；
其他發票由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局按照國務院主管部門的規定指定的企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2.發票中使用的實體是不同的:
增值稅專用發票壹般只能由增值稅壹般納稅人購買和使用。小規模納稅人需要使用的，經稅務機關批準後，由當地稅務機關開具。
普通發票可供各類從事經營活動並辦理稅務登記的納稅人購用。未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購和使用普通發票。
3.發票的內容不同:
增值稅專用發票不僅包括購貨單位、銷售單位、貨物或者服務的名稱、貨物或者服務的數量和計量單位、單價和合價、開票單位、收款人和開票日期，還包括納稅人的稅務登記號、不含增值稅的金額、適用的稅率和應繳納的增值稅。
4.發票有不同的序列號:
增值稅專用發票壹式四份、七份。第壹聯為存根聯(留存備查)，第二聯為發票聯(買方記賬用)，第三聯為抵扣聯(買方扣稅憑證用)，第四聯為記賬聯(賣方記賬用)，第七聯其他三聯為備份聯，分別用於企業出卡、檢驗、倉庫留存。
普通發票只有壹式三聯，第壹聯存根，第二聯發票，第三聯記賬。
5.發票的作用是不同的:
增值稅專用發票既是買賣雙方收付的憑證，也是買方抵扣增值稅的憑證。
除運費、農副產品、廢舊物資按法定稅率抵扣外，不得抵扣普通發票。