張掖黑河濕地自然保護區始建於1992年，原名“高臺縣黑河流域自然保護區”，2004年經甘肅省人民政府批準成立“甘肅高臺黑河濕地省級自然保護區”，2011年4月經國務院批準晉升為國家級自然保護區，更名為“張掖黑河濕地國家級自然保護區”，其管理機構為“張掖黑河濕地國家級自然保護區管理局”。管理局直屬於張掖市人民政府管理，下設高臺、甘州、臨澤三個分局，其中高臺分局下設羅城、合黎、黑泉管護站，臨澤分局下設平川、鴨暖管護站，甘州分局下設烏江、城郊管護站和濕地公園管理處，實行局、分局、管護站三級垂直管理，管理局內部機構設辦公室、資源保護科、資源開發科、公安派出所、生態臨測站、管護總站等。
保護區的建設符合國家生態文明建設和可持續發展要求，符合甘肅和張掖經濟社會發展與生態環境保護中長期規劃，先後委托蘭州大學編制完成了《甘肅張掖黑河濕地自然保護區綜合科學考察報告》，委托南京環境科學研究所編制了《甘肅張掖黑河濕地國家級自然保護區總體規劃》《甘肅張掖黑河濕地國家級自然保護區建設項目可行性研究報告》。《總體規劃》規劃年限20年，規劃投資10.2億元，計劃進行黑河濕地保護與恢復、基礎設施建設、科研監測、宣傳教育、生態旅遊等項目建設。《自然保護區建設項目可行性研究報告》計劃在2011年至2013年總投資3905.58萬元，主要建設管護設施、科研監測設施、宣傳教育設施，完成修繕工程，開展綜合科學考察，建立地理信息系統和生物多樣性數據庫。