2020年2月27日，鐘南山在廣州市政府新聞辦在廣州醫科大學舉行的疫情防控專題新聞通氣會上發表講話指出
1.新冠肺炎的疫情可能比非典還要嚴重。大概壹個人可以傳染兩三個人，而且傳染很快；
2.我有信心到4月底疫情基本得到控制；
3.出院後“復發”的患者再次感染的概率很低；
4.我國疾控中心地位太低，特殊地位沒有得到足夠重視，應該壹級上報；
5.全球需要建立聯防聯控機制；
6.過去，我們對突發傳染病重視不夠，沒有開展持續的科學研究；
在壹個月內研制出壹種新藥是不可能的。
2020年3月9日，鐘南山在廣東省疫情防控專家座談會上表示，新冠肺炎全球疫情發展估計至少持續到6月，防控重點將從出口轉向進口。同時要采取措施，從中國境外疫區來中國進行隔離。
2020年9月3日，鐘南山入選世衛組織新冠肺炎疫情應對評估專家組成員。
擴展數據:
非典時期
自2003年初廣東等地開始爆發不明原因的肺炎以來，鐘南山壹直密切關註著疫情的發展。
2003年2月，鐘南山否定了衛生部直屬機構中國疾病預防控制中心“典型衣原體是導致非典型肺炎的原因”的觀點，為廣東衛生行政部門及時制定治療方案提供了決策依據。
2003年2月11日，鐘南山在廣東省衛生廳召開的新聞發布會上說:“市民到公共場所進行正常活動不會被感染，廣大市民在日常生活中不必對此過度恐懼。”4月11日，新聞發布會上稱“廣東省非典前期不存在故意隱瞞”。
鐘南山領導的課題組提出了壹套行之有效的治療方法，大大提高了廣東SARS危重患者的搶救成功率，降低了死亡率，顯著縮短了患者的治療時間。鐘南山根據多年的經驗，先用面罩通氣維持患者的生命，再用適當劑量的皮質類固醇對肺囊性纖維化患者進行止血。
事實證明，他的判斷和嘗試是正確的。世界衛生組織派出的專家組認為，以鐘南山為首的廣東專家探索出的治療經驗，對世界抗擊非典型肺炎具有壹定的指導意義。但激素的使用造成了後遺癥，使得康復後的人需要終身治療其他癥狀。
性格和言行
鐘南山以講述疫情真相而聞名。在2003年4月11日的國臺辦新聞發布會上，他說，“從醫學的角度來說，這個病還沒有得到有效的控制？因為這種疾病的病原體不清楚，所以無法控制它
(記者:我國對醫護人員的保護是否到位？)沒有！4月3日，中國衛生部部長張以部長的名義表示，中國部分地區已經有效控制了非典疫情？來中國工作、旅遊、開會也很安全。
此外，2003年2月18日，中國疾病預防控制中心錯誤指出SARS的病原體為衣原體，鐘南山在當天廣東省衛生廳緊急會議上更正SARS的病原體為病毒。