市政府加強對萬山區海洋海島經濟發展的綜合協調，根據產業發展需要，制定鼓勵和支持萬山區發展的優惠政策。第四條萬山區管理委員會(以下簡稱萬山區管委會)是市政府的派出機構，代表市政府行使市級經濟社會管理權限，受委托行使相應的管理權限。第五條萬山區以推進海洋綜合開發為主要任務，建設國際海洋商務休閑旅遊度假區、國家海洋綜合開發試驗區、廣東省和珠海市海洋管理體制創新示範區。第六條萬山區應當根據科學發展的需要，在開發模式、管理體制、產業政策、科技興海、海島開發利用、環境保護、政府服務等方面創新海洋海島特色開發模式。第七條市政府加強與軍隊、邊防、口岸單位的和諧建設，大力推進海洋海島開放。第八條市政府應當加大財政轉移支付力度，加強萬山區供電、供水、交通、碼頭、垃圾和生活汙水處理等專項海島基礎設施和民生建設。
加快完善萬山港岸和口岸查驗單位執勤點基礎設施，實現萬山港人員和貨物通關便利化。第二章管理體制和產業發展第九條萬山區管委會行使下列經濟社會管理職權:
(壹)編制萬山區發展總體規劃，經市政府批準後組織實施。
(二)行使發展改革、科技工貿和信息化、環保、財政、交通等市政府相關職能部門在萬山區的管理權限。
(三)負責萬山區的規劃、建設、土地和房產工作。
(四)審批或審批萬山區的投資項目，報市政府相關職能部門備案。
(五)協調海關、邊檢、檢驗檢疫、海事、工商、稅務等垂直管理機構的工作。
(六)市政府授予的其他經濟社會管理權限。
對不能賦予萬山區專屬經濟社會管理權限的法規，由市政府協調組織相關職能部門統壹、聯合或集中辦理，提高工作效率。第十條萬山區實行壹級財政管理。萬山區管理委員會負責編制和批準萬山區財政收支預算。
萬山區產生的財政收入，除按規定上繳國家和省的部分外，全部返還萬山區。第十壹條萬山國土資源開發管理按照統壹規劃、綜合開發、合理利用、集約開發、有序推進的原則進行。
萬山區規劃範圍內的土地有償使用收入，除按國家和省有關規定上繳的部分外，應當用於萬山區的建設和發展。第十二條萬山區管委會行使教育、文化、衛生、行政執法、安全生產、人口和計劃生育等社會管理職責，推進社會管理體制改革，完善社會建設和服務。第十三條萬山區管委會應當依法建立相對集中行政處罰權制度，按照批準的事項和權限在萬山區行使相關行政處罰權。第十四條萬山區按照規範、精簡、高效的原則，決定萬山區行政事業單位工作人員的管理、福利、任免、獎懲，推進行政管理體制改革創新。第十五條市政府有關職能部門任免萬山區派出機構負責人，應當征求萬山區管委會的意見。
機關負責人任職期間接受萬山區組織的績效考核。第十六條萬山區重點發展海洋海島旅遊、海洋漁業、倉儲物流、海洋補給和海洋科技。第十七條在萬山區設立企業，除法律、法規限制經營的項目外，工商行政管理部門不得限制其經營範圍。第十八條萬山區應當對引進項目規定準入條件，實行指標控制，確保項目質量、環境保護和經濟效益。第三章海域和海島的管理與開放第十九條萬山區實行統壹規劃、綜合利用、合理開發、管理與保護相結合的原則，根據海洋功能區劃和海洋經濟發展規劃利用海域和海島。第二十條萬山區藍島碼頭、客運站、連接公路及配套基礎設施的建設和維護，應當納入全市交通發展規劃和市政府年度投資計劃，分期組織實施。