1.報名條件較低、考試層級較少。具有高等專科以上學校畢業的學歷、或者具有會計或者相關專業中級以上技術職稱的中國公民，可以申請參加註冊會計師全國統壹考試。報考資格要求比較低，這與國外規定必須取得會計學學士學位方可報考的要求相去甚遠。此外報名條件對學歷、專業的限定較多，導致考試層級較少。
2.科目設置較少、實務經歷要求低。目前註冊會計師考試科目與英國特許會計師資格考試的科目相比較少，且考試內容理論不夠深，實務不夠強，與註冊會計師專業勝任能力的要求相差甚遠。
（二）註冊會計師的業務範圍偏窄
目前我國註冊會計師向客戶提供的業務內容分為鑒證業務和非鑒證業務兩大類。鑒證業務主要包括財務報表審計、審閱、驗資、預測性財務信息審核、內部控制審核等。非鑒證業務主要包括執行商定程序、代編財務信息、稅務服務、管理咨詢、會計制度設計、信息系統設計與完善、風險管理等。隨著我國經濟社會的全面進步和改革開放的持續深化，特別是我國經濟與世界經濟的日益融合，經濟業務類型更加多樣化，愈顯註冊會計師業務範圍過窄。
（三）會計師事務所組織形式存在缺陷
目前國際上通行的會計師事務所組織形式主要有四種，即獨資、普通合夥制、有限責任合夥制和有限責任公司制。而《中華人民***和國註冊會計師法》規定了我國會計師事務所組織形式：合夥制和有限責任公司制兩種形式。在無限合夥制形式下，合夥設立的會計師事務所的債務，由各合夥人承擔無限連帶責任，這種組織形式最能體現註冊會計師行業的職業特性，符合社會公眾的要求，並能促使註冊會計師在執業時保持足夠的謹慎和足夠的壓力，防止出現道德風險。但其不利於事務所做大做強。在有限責任事務所形式下，各出資者以其出資額承擔事務所的債務，這種組織形式對註冊會計師最有利，它可以減輕事務所的責任，有利於事務所擴大規模。但其突出的缺陷就是弱化了註冊會計師在執業過程中的風險意識，容易出現道德風險，造成審計失敗。我國會計師事務所體制本身就存在著各自的缺陷，並且隨著我國經濟環境和審計環境的發展和變化，這更加突出了我國會計師事務所體制所存在的缺陷，所以說我國目前的會計師事務所體制已經不能完全滿足註冊會計師行業發展的要求。
（四）審計委托人與被審計人集於壹身，使審計關系中委托人形同虛設
實際中由於存在“壹股獨大”等問題，來自於發起人或控股股東的經營者事實上集公司決策權、管理權、監督權於壹身，股東大會形同虛設。董事會不但不能對公司經營者起到應有的監督作用，相反，公司的董事會常常就是公司的管理層。經營者由被審計人變成了審計委托人，並且決定著審計人的聘用、續聘、收費等事項，完全成了事務所的“衣食父母”，從根本上破壞了審計關系結構，使審計失去了客觀公正的基礎。
（五）對審計質量控制基本準則執行情況不能有效地進行監督
我國註冊會計師質量控制基本準則是在1997年1月1日開始施行的。2006年，新的質量控制準則出臺，雖然新準則中規定了會計師事務所對特定業務執行質量的項目質量控制復核以及會計師事務所對自身的監控，但會計師事務所作為質量控制準則的執行者和監督者，必然使得質量控制準則的執行情況大打折扣，執行效果不得而知。而作為我國註冊會計師行業的管理組織也只是在每年年末對會計師事務所進行少量的抽查。由於抽查量不大，並帶有很強的隨意性，因此不能形成有效的監督效果。
（六）對註冊會計師獨立性的規定存在漏洞
我國《註冊會計師職業道德基本規範》規定：“註冊會計師不得兼營或兼任與其執行的審計或其他鑒證業務不相容的其他業務或職務”。但這種規定不夠具體和明確，指代不清晰，同時也未將其上升到法律層面，使執行很難到位。實際上許多不應被註冊會計師同時提供的非審計服務仍然在執行。有些會計師事務所在向客戶提供審計業務的同時，又提供代理記賬、代理納稅、代理設計會計制度、擔任會計顧問等會計服務業務，這事實上違背了內部控制中不相容職務應分離的規定。會計師事務所過度地介入被審企業的業務活動，必然會將兩者的利益更緊密地捆綁在壹起，審計就不可能再具有獨立性，要求客觀公正就只能是奢望。