[案例]A公司持有B公司100%股權。2015年1月，A公司將其持有的M公司60%的股權劃轉給B公司，該項投資的計稅基礎為600萬元，公允價值總額為1 000萬元。A公司賬務處理如下：借：長期股權投資B公司 600萬，貸：長期股權投資M公司60%股權 600萬。B公司賬務處理：借：長期股權投資M公司60%股權 600萬，貸：實收資本 600萬。那麽，在這種情況下，A公司應當如何進行稅務處理?在不同的稅務處理下，B公司的持股成本又會發生哪些變化?
上述案例中，A公司可能適用的稅收政策有四個(假設其他享受特殊性稅務處理的條件均符合)，分別為： (壹)《116號文》規定5年遞延納稅
A公司視同銷售處理，視同銷售所得400萬元，且依照《財政部 國家稅務總局關於非貨幣性資產投資企業所得稅政策問題的通知》(財稅[2014]116號，簡稱《116號文》)文件規定，遞延5年納稅;B公司持股的計稅基礎為公允價值1 000萬元。
A公司稅務處理：(1)視同銷售確認所得=1 000-600=400(萬元);(2)按照《116號文》規定，A公司可以選擇400萬元所得均勻地在5年內計入，每年計入應納稅所得額80萬元。 (二)《109號文》劃轉特殊性稅務處理
A公司還可以選擇《財政部 國家稅務總局關於促進企業重組有關企業所得稅處理問題的通知》(財稅[2014]109號，簡稱《109號文》)中關於劃轉特殊性稅務處理的規定，A公司不確認所得額，而B公司持股計稅基礎為A公司持有M公司的原計稅基礎600萬元。
應當說，方案壹和方案二兩種方案，各有千秋。方案壹的好處是B公司接受投資的計稅基礎按照公允價值確認，在接受資產為固定資產或存貨時，這種方案的優勢就更加明顯;而方案二，顯而易見的是A公司得到的是不確定性遞延利益，比較起方案壹的確定性遞延來，更加優惠。相對來說，如果既符合《116號文》5年遞延條件，也符合《109號文》劃轉的特殊性稅務處理條件，選擇《109號文》劃轉特殊性稅務處理的企業會更多壹些，畢竟大多數企業都會選擇活在當下，但企業決不能認為《109號文》的稅務處理比《116號文》更優惠。 (三)《59號文》特殊性稅務處理
A公司還可以選擇《關於企業重組業務企業所得稅處理若幹問題的通知》(財稅[2009]59號，簡稱《59號文》)的特殊性稅務處理，A公司不確認所得額，而B公司持股計稅基礎為A公司持有M公司的原計稅基礎600萬元。
《59號文》的特殊性稅務處理，與《109號文》劃轉特殊性稅務處理結果相同，所不同的是適用範圍。《109號文》適用範圍較為嚴苛，只有母公司對全資子公司劃轉資產才能適用投資的特殊性稅務處理政策，而《59號文》適用範圍較為寬泛，即使投資方A公司與被投資方B公司在投資前沒有任何股權關聯，也可能適用。但是《109號文》比起《59號文》來適用條件較寬松，劃轉資產不受《59號文》?50%?以上比例等條件的約束。例如，本案例中，如果劃轉M公司20%的股權比例，則只能適用於《109號文》，而不適用於《59號文》。
《59號文》和《109號文》的關系可以總結為：《109號文》適用範圍嚴苛，而適用條件較為寬松;《59號文》則反之，適用範圍寬松，而適用條件嚴苛。 (四)選擇適用?視同銷售?，且壹次性計入應納稅所得額
大家看到方案四，壹定會說：?難道A公司瘋了，有上述三種遞延納稅的方案可以選擇，怎麽可能選擇壹次性將所得400萬元計入應納稅所得額呢?
的確，壹般情況下，A公司不會選擇方案四，但是如果A公司有巨額虧損，情況就不壹樣了。選擇方案四的結果是，A公司當年的所得彌補了虧損，沒有實際繳稅，而B公司持有M公司股權的計稅基礎為公允價值1 000萬元，既享受了《116號文》接受投資方持股計稅基礎為公允價值的好處，又享受了《59號文》和《109號文》A公司不需要馬上繳稅的好處。如果A公司的虧損馬上要到了5年彌補虧損期，選擇方案四就更是必須的了!
綜上，四種方案，各有千秋。《116號文》的好處是，接受投資方B公司持有M公司股權的計稅基礎為公允價值，壞處是雖然遞延5年納稅，但畢竟馬上要付出真金白銀;《109號文》和《116號文》的好處是，不確定性遞延無需馬上付出真金白銀，壞處是接受投資方B公司持有M公司股權的計稅基礎為原計稅基礎;《109號文》和《116號文》的區別在於，《109號文》適用範圍嚴苛，適用條件寬松，《59號文》反之;適用視同銷售壹次性計入應納稅所得額，往往是特殊情況，例如A公司存在巨額虧損，尤其是馬上要過彌補期的虧損。